Chimera x: UCSF ChimeraX Home Page

Домашняя страница UCSF ChimeraX

о проектелюдипубликации Ресурсы Ресурсы посетите нас посетите нас поиск поиск

Визуализация трансляции и биогенеза белка на мембране ER. Геммер М., Шайе М.Л. и др. Природа. 2 февраля 2023 г .; 614 (7946): 160–167.

Структурные основы ингибирования дыхательного комплекса I млекопитающих лекарственными бигуанидами. Bridges HR, Blaza JN и др. Наука. 2023 27 января; 379 (6630): 351-357.

Структуры комплекса интеграции транспозона, управляемого голо CRISPR РНК. Park JU, Tsai AW и др. Природа. 2023 26 января; 613 (7945): 775-782.

Транслоказы ундекапренилфосфата придают условную микробную приспособленность. Sit B, Srisuknimit V и др. Природа. 2023 26 января; 613 (7945): 721-728.

Нацеливание РНК высвобождает неизбирательную нуклеазную активность CRISPR-Cas12a2.

Браво JPK, Hallmark T и др. Природа. 2023 19 января; 613 (7944): 582–587.

Больше цитат…

21 декабря 2022 г.

RBVI желает вам безопасного и счастливого праздничного сезона! Смотрите нашу карту 2022 года и галерея предыдущих открыток до 1985 года.

20 декабря 2022 г.

Предоставлено вам лабораторией Брауна в Технологическом институте Вирджинии: Учебное пособие по ChimeraX: изготовление праздничного дерева!

23 ноября 2022 г.

Производственный релиз ChimeraX 1.5 доступный! См. журнал изменений для того, что нового.

Предыдущая новость…

UCSF ChimeraX (или просто ChimeraX) это программа молекулярной визуализации нового поколения от Ресурс для биокомпьютеров, Визуализация и информатика (РБВИ), после UCSF Chimera. ChimeraX можно скачать бесплатно для академического, государственного, некоммерческого и личного использования.

Коммерческие пользователи, см. Коммерческое лицензирование ChimeraX.

ChimeraX разработан при поддержке Национальные институты здравоохранения R01-GM129325, Грант Инициативы Чана Цукерберга EOSS4-0000000439, и Управление киберинфраструктуры и вычислительной биологии, Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний.

Передний/задний (поворотный) вырезка могут быть применены выборочно к некоторым моделям, но не к другим. Это чаще всего используется для среза молекулярной поверхности. но не соответствующую атомную структуру.

Например, белок в записи PDB 1g74 имеет остаток олеиновой кислоты OLA во внутреннем кармане. Скрипт в pmc.cxc показывает поверхность белка, активирует переднее отсечение для всех моделей, а затем выключает его только для модели атома, как показано на рисунке. Плоскость отсечения можно перемещать и поворачивать в интерактивном режиме. с мышью .

Дополнительные функции…

Атомарные значения B-фактора считываются из входных файлов PDB и mmCIF. и назначаются как атрибуты что можно показать с окраска и используется в спецификация атома. Этот пример показывает изменение B-фактора в структуре Протеаза ВИЧ-1, связанная с ингибитором (ПДБ 4хвп). Для полной настройки изображения, включая позиционирование, цветной ключ и этикетка, см. командный файл bfactor.cxc.

Дополнительные примеры цветовых ключей можно найти в учебниках: Раскрашивание по Электростатический потенциал, Окраска путем сохранения последовательности

Больше изображений…

Учебники UCSF ChimeraX

Учебники можно просматривать в любом браузере, но те, ссылки для выполнения по клику следует просматривать из ChimeraX, чтобы ссылки работали. Чтобы просмотреть веб-страницу из ChimeraX, запустите ChimeraX и используйте команду открыть URL-адрес (подставив фактический URL-адрес) или перейдите сюда с помощью меню ChimeraX: Помощь. .. Учебники .

Дополнительные учебные пособия и демонстрации доступны как видео. См. также: Рецепты ChimeraX

Краткое руководство ChimeraX (входит в руководство пользователя). Содержит ссылки для выполнения.

Белок-лиганд Участок связывания (входит в руководство пользователя). Содержит ссылки для выполнения. Осмотр частей конструкции, показывая важные остатки, выявление Н-связей и контактов, окрашивание поверхностей липофильным и электростатическим потенциалом.

Раскраска канала MOLE по свойствам. ноябрь 2022. Содержит ссылки для выполнения.

Введение в криоЭМ ChimeraX глядя на инсулиновый рецептор мыши. апрель 2022. Содержит ссылки для выполнения.

Учебное пособие по ЭМ-томографии ChimeraX глядя на протеасомы вокруг фибрилл в нейронах. Февраль 2022. Содержит ссылки для выполнения.

Рентгеновские и ЭМ модели нанотел, обновлено в январе 2022 г. Содержит ссылки для выполнения.

Окраска Sequence Conservation, обновлено в июне 2021 г.
Содержит ссылки для выполнения.

Связывание лиганда дельта-опиоидного рецептора, обновлено в январе 2021 г. Содержит ссылки для выполнения.

Структурный анализ и сравнение, HTML-слайды, обновлено в январе 2021 г. Содержит ссылки для выполнения.

Учебное пособие по криоЭМ АТФ-синтазе, данное на Семинар Стэнфорд-SLAC, Январь 2020. Содержит ссылки для выполнения.

Учебное пособие ChimeraX по фибриллам альфа-синуклеина для мастерской Rocky Mountain Laboratories. Сентябрь 2019.

Создание фильмов, обновлено в мае 2019 г.

Содержит ссылки для выполнения.

DICOM в виртуальной реальности (входит в Гид пользователя). Видео из 26 февраля 2019 г.

Мутация гемоглобина серповидноклеточной анемии с виртуальной реальностью. Видео. 26 февраля 2019 г..

Проверка криоЭМ и молекулярных моделей с виртуальной реальностью. Видео. 26 февраля 2019 г.

Взгляд в виртуальной реальности на наркотики, пристыкованные к мю-опиоидным рецепторам. Видео. 26 февраля 2019 г.

Мутируйте токсин скорпиона, используя ChimeraX с гарнитурой виртуальной реальности. 11 июня 2018 г.

Обзор ChimeraX от Jean-Yves Sgro, Университет Висконсин-Мэдисон, 26 апреля 2018 г.

Визуализация 4D световой микроскопии, 21 апреля 2017 г.

Создание фильмов для криоЭМ, 11 апреля 2017 г.

Домашняя страница UCSF ChimeraX

Учебники UCSF ChimeraX

Добавить комментарий Отменить ответ