Раптор сайт: RAPTOR U-POL Официальный магазин | Краска Раптор Юпол купить в Москве

Содержание

ООО РАПТОР, Тольятти (ИНН 6321056253), реквизиты, выписка из ЕГРЮЛ, адрес, почта, сайт, телефон, финансовые показатели

Обновить браузер

Возможности

Интеграция

О системе

Статистика

Контакты

CfDJ8No4r7_PxytLmCxRl2AprPqCaPli52S-YpJMY8EkoWQslEcHkq3jgveHMZq46hpn5-rlFxgWsJfcx7WqOtV9Wa3xOwWP68zW_CFIsdj6YqmqI7nGsubFAQAW0vP9CYlgAiqwQHbGsMtfyJ0zhryjahM

Описание поисковой системы

энциклопедия поиска

ИНН

ОГРН

Санкционные списки

Поиск компаний

Руководитель организации

Судебные дела

Проверка аффилированности

Исполнительные производства

Реквизиты организации

Сведения о бенефициарах

Расчетный счет организации

Оценка кредитных рисков

Проверка блокировки расчетного счета

Численность сотрудников

Уставной капитал организации

Проверка на банкротство

Дата регистрации

Проверка контрагента по ИНН

КПП

ОКПО

Тендеры и госзакупки

Юридический адрес

Анализ финансового состояния

Учредители организации

Бухгалтерская отчетность

ОКТМО

ОКВЭД

Сравнение компаний

Проверка лицензии

Выписка из ЕГРЮЛ

Анализ конкурентов

Сайт организации

ОКОПФ

Сведения о регистрации

ОКФС

Филиалы и представительства

ОКОГУ

ОКАТО

Реестр недобросовестных поставщиков

Рейтинг компании

Проверь себя и контрагента

Должная осмотрительность

Банковские лицензии

Скоринг контрагентов

Лицензии на алкоголь

Мониторинг СМИ

Признаки хозяйственной деятельности

Репутационные риски

Комплаенс

Компания ООО РАПТОР, адрес: Самарская обл. , г. Тольятти, бульвар Татищева, д. 2 кв. 157 зарегистрирована 23.01.2003. Организации присвоены ИНН 6321056253, ОГРН 1036300994377, КПП 632101001. Всего зарегистрировано 3 вида деятельности по ОКВЭД. Связи с другими компаниями отсутствуют.
Количество совладельцев (по данным ЕГРЮЛ): 1, ликвидатор — Мелехина Любовь Алексеевна. Размер уставного капитала 2 900₽.

Компания ООО РАПТОР не принимала участие в тендерах. В отношении компании было возбуждено 1 исполнительное производство. ООО РАПТОР не участвовало в арбитражных делах.
Реквизиты ООО РАПТОР, юридический адрес, официальный сайт и выписка ЕГРЮЛ, а также 1 существенное событие доступны в системе СПАРК (демо-доступ бесплатно).

Полная проверка контрагентов в СПАРКе

Неоплаченные долги
Арбитражные дела
Связи
Реорганизации и банкротства
Прочие факторы риска

Полная информация о компании ООО РАПТОР

299₽

Регистрационные данные компании
Руководитель и основные владельцы
Контактная информация
Факторы риска
Признаки хозяйственной деятельности
Ключевые финансовые показатели в динамике
Проверка по реестрам ФНС

Купить Пример

999₽

Включен мониторинг изменений на год

Регистрационные данные компании
История изменения руководителей, наименования, адреса
Полный список адресов, телефонов, сайтов
Данные о совладельцах из различных источников
Связанные компании
Сведения о деятельности
Финансовая отчетность за несколько лет
Оценка финансового состояния

Купить Пример

Бесплатно

Отчет с полной информацией — СПАРК-ПРОФИЛЬ
Добавление контактных данных: телефон, сайт, почта
Добавление описания деятельности компании
Загрузка логотипа
Загрузка документов

Редактировать данные

СПАРК-Риски для 1С

Оценка надежности и мониторинг контрагентов

Узнать подробности

Заявка на демо-доступ

Заявки с указанием корпоративных email рассматриваются быстрее.

Вход в систему будет возможен только с IP-адреса, с которого подали заявку.

Компания

Телефон

Вышлем код подтверждения

Эл. почта

Вышлем ссылку для входа

Нажимая кнопку, вы соглашаетесь с правилами использования и обработкой персональных данных

До 6 ГГц: Intel официально представила процессоры Raptor Lake

На днях были представлены процессоры Ryzen 7000, поэтому осеннюю гонку мегагерц можно считать открытой. AMD смогла догнать Intel, а также вышла вперед с флагманом Ryzen 9 7950X, особенно по многопоточной производительности. Но Intel провела контратаку, представив процессоры Raptor Lake. К сожалению, процессоры пока только объявлены, тесты мы сможем опубликовать лишь позже. Но перейдем к подробностям, которые Intel раскрыла на конференции InnovitiON.

Процессоры Raptor Lake выходят на смену Alder Lake, причем не только на настольном сегменте, но и для ноутбуков, хотя здесь они появятся чуть позже в этом году или в начале 2023. На данный момент Intel представила только настольные процессоры Raptor Lake-S, причем начала с моделей K.

Среди самых важных функций процессоров Raptor Lake можно отметить увеличение тактовых частот до 5,8 или 6,0 ГГц, удвоение числа эффективных ядер и повышение емкости кэша L2 у производительных ядер. Все это должно обеспечить прирост 15% по однопоточной производительности и 41% по многопоточной.

Сразу же скажем: процессор Core i9-13900KS планируется, хотя Intel официально его пока не объявила. Он будет работать на частоте до 6,0 ГГц, на пресс-туре в Израиле Intel его упоминала. Позднее мы видели процессор на тестовой системе в лаборатории, на нем был запущен Cinebench R23. Но Intel пока официально не называет Core i9-13900KS.

Процессоры Raptor Lake появились в планах Intel только два года назад. Изначально за Alder Lake должны были следовать Meteor Lake. Но из-за задержек у Intel было два варианта: либо переждать с процессорами Alder Lake какое-то время до появления Meteor Lake, либо добавить еще одно поколение. Был выбран последний путь, так появились Raptor Lake. Если бы Raptor Lake не существовало, то Alder Lake стали бы единственным поколением процессоров для платформы LGA1700. То же самое касается и мобильного сегмента.

Разработка Alder Lake была полностью завершена, изменений в Raptor Lake было сравнительно немного, что позволило Intel довольно быстро разработать данное поколение ядер. Вместо привычных 30 месяцев ушло около 24.

Сравнение процессоров
	Ядра	Кэш L3	Кэш L2	TVB	Boost 3.0	Частота Boost	Базовая частота	Base Power	Turbo Power	Цена
Core i9-13900KS	8P+16E	36 Мбайт	32 Мбайт	6,0 ГГц	5,7 ГГц	5,4 / 4,3 ГГц	3,0 / 2,2 ГГц	125 Вт	253 Вт	—
Core i9-13900K	8P+16E	36 Мбайт	32 Мбайт	5,8 ГГц	5,7 ГГц	5,4 / 4,3 ГГц	3,0 / 2,2 ГГц	125 Вт	253 Вт	589 $
Core i9-13900KF	8P+16E	36 Мбайт	32 Мбайт	5,8 ГГц	5,7 ГГц	5,4 / 4,3 ГГц	3,0 / 2,2 ГГц	125 Вт	253 Вт	564 $
Core i7-13700K	8P+8E	30 Мбайт	24 Мбайт	—	5,4 ГГц	5,3 / 4,2 ГГц	3,4 / 2,5 ГГц	125 Вт	253 Вт	409 $
Core i7-13700KF	8P+8E	30 Мбайт	24 Мбайт	—	5,4 ГГц	5,3 / 4,2 ГГц	3,4 / 2,5 ГГц	125 Вт	253 Вт	384 $
Core i5-13600K	6P+8E	24 Мбайт	20 Мбайт	—	—	5,1 / 3,9 ГГц	3,5 / 2,6 ГГц	125 Вт	181 Вт	319 $
Core i5-13600KF	6P+8E	24 Мбайт	20 Мбайт	—	—	5,1 / 3,9 ГГц	3,5 / 2,6 ГГц	125 Вт	181 Вт	294 $

Как и в случае Alder Lake, Intel стартовала с процессоров Raptor Lake с суффиксом K. Число эффективных ядер увеличено в два раза. То есть их теперь 16 у Core i9-13900K, восемь у Core i7-13700K и восемь у Core i5-13600K.

TDP остался на уровне 125 Вт, но Intel увеличила бюджет Turbo Power. Для процессора Core i9-13900K(F) он повышен с 241 до 253 Вт. Данный уровень 253 Вт Turbo Power выставлен и для Core i7-13700K(F), но у процессора Core i7-12700K он снижен до 190 Вт. Intel указывает 181 Вт для Core i5-13600K(F), хотя до сих пор верхней планкой была 150 Вт. Как видим, Intel вновь решила увеличить энергопотребление. Но здесь более интересен уровень, который мы получим на практике.

Intel перешла с DDR5-4800 на DDR5-5600 при условии установки одного модуля на канал, а в случае двух модулей на канал поддерживается DDR5-4400. То есть по спецификациям контроллера памяти Intel даже обошла AMD. На практике процессоры Raptor Lake будут успешно работать с памятью DDR5 на частоте 7.000 MT/s вы выше. Память DDR4 тоже поддерживается, поскольку процессор устанавливается в прежний сокет LGA1700 и совместим со старыми материнскими платами (после обновления BIOS).

Небольшие, но приятные изменения

Произошли некоторые изменения с иерархией кэша и дизайном ядер под названием Raptor Cove. Кэш L3 стал на 20% больше. Дополнительные эффективные ядра и увеличение кэша L2 производительных ядер привели к удвоению общей емкости кэша L2. Также отметим небольшие изменения в архитектуре ядер Raptor Cove по сравнению с Golden Cove. Например, был улучшен блок предварительной выборки, который приводит к более эффективной нагрузке вычислительных ядер, сохраняя в кэше только нужные данные. Микроконтроллер с новой прошивкой отслеживает сценарии запрашиваемых данных с помощью искусственного интеллекта и постоянно вносит коррективы в работу блока предварительной выборки. Эффективные ядра, с другой стороны, не изменились.

Intel также внесла некоторые изменения, чтобы Raptor Lake смогли работать на 6 ГГц. Как и можно было ожидать, увеличение числа эффективных ядер привело к повышению многопоточной производительности. Процессоры по-прежнему производятся по оптимизированному 10-нм техпроцессу под названием Intel 7, который внутри компании называется «Intel 7 Ultra». Intel улучшила мобильность каналов при полупроводниковом производстве, что позволило добавить новые точки на кривой частот/напряжений. Здесь Intel планирует получить более высокую эффективность мобильных процессоров Raptor Lake.

Кольцевой интерконнект теперь работает с более высокой тактовой частотой 5.000 МГц, то есть на 900 МГц выше Alder Lake.

Более высокие тактовые частоты занимают 66% долю в 15% увеличении однопоточной производительности. Оставшиеся проценты обусловлены более быстрой памятью и большими кэшами. Частоты повлияли и на 41% увеличение многопоточной производительности, но больший вклад здесь дали дополнительные эффективные ядра. Более быстрая память сказывается не так сильно, но влияние большего кэша весьма существенно.

Процессор Core i9-13900K должен показать ту же многопоточную производительность при тепловом пакете 65 Вт, что и Core i9-12900K на 241 Вт. К подобному заявлению мы внимательно присмотримся в тестах процессоров Raptor Lake. Кроме того, Intel провела и другие сравнения с Core i9-12900K и Ryzen 9 5950X. По игровой производительности главным конкурентом назван Ryzen 7 5800X3D. Но, как обычно бывает с собственными тестами производителей, мы бы не стали придавать им важное значение, гораздо интереснее независимые оценки.

Для гибридного производительного дизайна важную роль играет диспетчер Thread Director. Под Windows 11 22h3 производительность будет идеальной, но Thread Director поддерживает и Windows 10. Впрочем, для ноутбуков гораздо важнее эффективность, и здесь Intel предлагает функцию «парковки» отдельных ядер через Dynamic Tuning Technology.

Площадь чипа увеличилась

Увеличение числа эффективных ядер и размера кэшей привело к росту площади кристалла при прежнем техпроцессе. Кристалл Core i9-13900K увеличил площадь до 23,8 x 10,8 мм, то есть 257 мм². У предшественника Alder Lake она составляла 20,4 x 10,2 мм, то есть 208 мм² — почти на 50 мм² меньше. Конечно, Rocket Lake был еще крупнее с размерами 24 x 11,7 = 280 мм². Однако Core i9-11900K производился по 14-нм техпроцессу, пусть и оптимизированному. Здесь же Intel перешла на 10-нм техпроцесс Intel 7, а также на дальнейшие стадии оптимизации для Alder Lake и Raptor Lake.

На снимке кристалла, опубликованном Intel, показаны восемь производительных ядер по центру. Белым обрамлены два кластера с восемью эффективными ядрами каждый. Слева от производительных ядер расположены контроллеры памяти, PHY для линий PCI Express и другая логика Uncore. Справа от эффективных ядер – графика.

Процессоры 13-го поколения Core поступят в продажу 20 октября. То же самое касается материнских плат на чипсете Z790. Цены Intel пока не упоминает.

Подписывайтесь на группу Hardwareluxx ВКонтакте и на наш канал в Telegram (@hardwareluxxrussia).

Мы рекомендуем ознакомиться с нашим руководством по выбору лучшего процессора Intel и AMD на текущий квартал. Оно поможет выбрать оптимальный CPU за свои деньги и не запутаться в ассортименте моделей на рынке.

RAPTOR | Противоугонные системы AUTHOR

Противоугонное устройство с цифровыми блокировками по штатной шине CAN и LIN. Авторизация сигналом метки или вводом пин-кода. Дополнительная аналоговая блокировка в комплекте.

Принцип защиты
Установка
Сравнение
Поддержка Вашего авто
Модификации
Документация
Скидки на страхование

Принцип защиты

Интеллектуальный подход к защите автомобиля

RAPTOR — уникальное устройство, предназначенное для защиты автомобиля от угона. Инновационная технология цифровой блокировки двигателя по штатным цифровым шинам CAN и LIN.

Уникальность цифрового способа защиты, используемого в противоугонных системах компании АВТОР, официально подтверждена патентом Федерального института промышленной собственности.

Снятие блокировки (авторизация) — сигналом миниатюрной радиометки или вводом секретного PIN-кода.

Устройство невозможно обнаружить известными способами. RAPTOR не выдает своего присутствия в автомобиле до момента включения блокировки двигателя. Кроме того, благодаря своим компактным размерам устройство может быть установлено практически в любом месте автомобиля.

RAPTOR комплектуется аналоговым реле блокировки AR-20 для реализации дополнительного контура защиты.

Преимущества системы

Заинтересовал продукт? Проверьте совместимость системы с Вашим авто или закажите установку.

Сопутствующие товары

Защита диагностического разъема автомобиля OBD II от взлома

Модуль управления электромеханическим замком капота

Устройство для определения местонахождения автомобиля

Установка

Сделайте первый шаг к надежной защите

Более 240 установочных центров по всей России практически в каждом регионе страны. Мы делаем все, чтобы в нашей стране угонов было как можно меньше.

Процесс установки

Заинтересовал продукт? Проверьте совместимость системы с Вашим авто или закажите установку.

Сравнение

Функция / Модель	IGLA 200	IGLA 220	IGLA 231	IGLA 251	IGLA PRO	RAPTOR
Цифровая блокировка по LIN					•
Габариты	5х1,3х0,4				5,3х1,4х0,5	5х1,3х0,4
Количество блоков	1	2	1	2	1	2
Авторизация
Смартфон вместо метки	•	•			•
Пин-код штатными блоками	•	•	•	•	•
Доп. метки в комплекте			•	•	•	•
Двойная авторизация (метка и PIN)					•
Две метки и два смартфона одновременно					•
Комфорт
Стекла, люки, замки, зеркала*	•	•	•	•	•
Режим “Антиограбление”	•	•	•	•	•
Автоматический выход из сервисного режима	•	•	•	•	•
Преобразователь кнопок ZVENO	•	•	•	•	•
Дополнительная защита
Аналоговое реле AR20 в комплекте		•		•		•
Подключение 2CAN					•
Перепрошивка без демонтажа	•	•	•	•	•

* —функция зависит от марки, модели и комплектации автомобиля

Заинтересовал продукт? Проверьте совместимость системы с Вашим авто или закажите установку.

Поддержка Вашего авто

Выберите автомобиль для просмотра поддерживаемых функций системы RAPTOR:

Марка

Модель

Год

Ваш автомобиль поддерживается? Тогда до надежной защиты остался всего лишь один шаг. Мы будем рады Вашему звонку.

Модификации

Модификации продукта

RAPTOR LIN

Специальная версия для автомобилей с LIN-шиной.

RAPTOR 151

Авторизация (снятие с охраны) — сигналом беспроводной радиометки.

RAPTOR 120

Отключает охрану только по вводу пин-кода. Метки в комплект не входят.

Документация

Документация к противоугонному устройству на новой платформе:

Инструкция Raptor 151 (pdf, 0.5Мб)
Инструкция Raptor 120 (pdf, 0.5Мб)
Инструкция по установке (pdf, 2.7Мб)

Документация к противоугонному устройству:

Инструкция Raptor 151 (pdf, 0. 5Мб)
Инструкция Raptor 120 (pdf, 0.5Мб)
Приложение (pdf, 0.4Мб)
Инструкция по установке (pdf, 0.4Мб)

Заинтересовал продукт? Проверьте совместимость системы с Вашим авто или закажите установку.

Скидки на страхование

При установке противоугонной системы RAPTOR, Вы можете значительно сэкономить на стоимости страхования автомобиля в следующих страховых компаниях:

RAPTOR — интерпретатор блок-схем

RAPTOR — это среда программирования на основе блок-схем, разработанная специально для того, чтобы помочь учащимся визуализировать свои алгоритмы и избежать синтаксического багажа. Программы RAPTOR создаются визуально и выполняются визуально путем отслеживания выполнения по блок-схеме. Необходимый синтаксис сведен к минимуму. Студенты предпочитают использовать блок-схемы для выражения своих алгоритмов, и они более успешно создают алгоритмы с помощью RAPTOR, чем используя традиционный язык или создавая блок-схемы без RAPTOR.

RAPTOR Avalonia Edition (мультиплатформенная)

Мультиплатформенная версия RAPTOR теперь доступна для Windows, Mac и Linux, созданная на базе [Avalonia]! См. раздел загрузок ниже. Основные отличия:

Только промежуточный режим (подсхемы и процедуры, без ОО)
Можно будет загрузить некоторые файлы из RAPTOR только для Windows, но только для Windows файлы из RAPTOR Multiplatform не будут загружаться
Документация будет [онлайн] вместо того, чтобы распространяться вместе с приложением.

RAPTOR image and Papers

Рисунок 1.0. RAPTOR picture

Документы по применению RAPTOR:

Использование RAPTOR в общеобразовательном курсе [просмотреть или скачать]
Глобальная китайская конференция по компьютерам в образовании (GCCCE) 2011 [просмотреть или скачать]
Midwest Instruction and Computing Symposium [просмотреть или скачать]
Американское общество инженерного образования [просмотреть или скачать]

Ссылки на RAPTOR

RAPTOR упоминается в следующих книгах или публикациях:

[смотреть] Введение в программирование и алгоритмическое мышление с использованием RAPTOR (Hadfield, Weingart and Brown)
[просмотреть] Начиная с логики и дизайна программирования (Тони Гэддис)
[просмотреть] Prelude to Programming Concepts and Design (Venit and Drake)
[просмотреть] Школьные ИКТ (компьютерный курс Longman для младших классов средней школы) (версии на английском и китайском языках)
[просмотр] Введение в программу, алгоритмы и реализации в VB. NET, C#, Java и C++
книг издательства Университета Цинхуа:
- [просмотреть] Визуализированные вычисления 2012
- [просмотр] Визуализированные вычисления на основе учебного пособия RAPTOR 2014
- [view] Учебное пособие по программированию RAPTOR

Загрузить RAPTOR

Реклама (может включать кнопку загрузки для чего-то еще)

Нажмите кнопку ниже, чтобы установить нужный RAPTOR

Пользователи Windows

Что мне следует загрузить?

Загрузите RAPTOR Avalonia, если вам нужно работать не только в Windows, но и в режиме OO. Для RAPTOR Avalonia требуется .NET Core. Если у вас не установлена среда выполнения .NET Core, получите ее в Microsoft. Вы хотите .NET Runtime 3.1.27

Загрузите Windows RAPTOR, если вашим учащимся нужен OO-режим и у них есть компьютеры только с Windows. RAPTOR Avalonia может открывать некоторые файлы Windows RAPTOR, но Windows RAPTOR может , а не открывать файлы RAPTOR Avalonia.

Пользователи Mac

Если у вас не установлена среда выполнения .NET Core, получите ее в Microsoft. Вам нужна среда выполнения .NET 3.1.27

Пользователи Linux

Если у вас не установлена среда выполнения .NET Core, получите ее в Microsoft. Вы хотите .NET Runtime 3.1.27

НОВЫЕ ФУНКЦИИ:

To_Integer() принимает строку и возвращает целое число (например, To_Integer(«37») равно 37)
To_Float() принимает строку и возвращает число (например, To_Float(«37,5») равно 37,5)
Get_Nth_String возвращает n-ю строку в длинной строке, разделенную разделителем (например, Get_Nth_String(«ab,cd,ef»,»,»,2) равно «cd»). Он возвращает разделитель после последней разделенной строки (например, Get_Nth_String(«ab,cd,ef»,»,»,4) возвращает «,»)

Где и как вы используете RAPTOR?

У меня есть список того, какие школы и университеты используют RAPTOR и для какого класса. Это помогает мне планировать будущие достижения. Пожалуйста, напишите мне и дайте мне знать

Другие версии

Название	Информация	Скачать
Программа установки с цифровой подписью	старая версия, цифровая подпись от 01.10.2016. Загрузите эту версию, если у вас есть проблемы с Защитником Windows. На основе .NET Framework 4.5. Пользователям XP может потребоваться более старая версия программы установки (2014 или более ранней версии)
Портативная версия	Джон Меир из Midlands Tech создал переносную версию приложения (PortableApps.com). Это позволяет использовать RAPTOR с USB-накопителя или аналогичного устройства без установки. Эта версия от 2012 года
ОСЕННЯЯ ВЕРСИЯ 2015 г. (Обновлено 15 августа 2015 г.)	Первая версия на основе .NET Framework 4.5
ОСЕННЯЯ ВЕРСИЯ 2014 ГОДА (Обновлено 22 апреля 2015 г.)	Исправлена проблема с белым цветом. Исправлена ошибка, из-за которой пользователи могли создавать поддиаграммы в режиме OO. Другие незначительные обновления, включающие новый подписанный установщик
Неподписанный установщик	Предыдущий установщик был подписан сертификатом Министерства обороны США. Вы можете получить корневые сертификаты из DoD Class 3 PKI Root Certificates. Если у вас возникли трудности с подписанным установщиком
ВЕСЕННЯЯ ВЕРСИЯ 2012 г. (Обновлено 13 сентября 2012 г.)	Версия от 13 сентября исправляет аномалии с set_precision. Мы надеемся, что версия от 27 августа исправляет диалоговое окно «Печать» в 64-разрядной версии Windows 7. Незначительные обновления для генерации кода Java. Обновление того, как режим RAPTOR OO обрабатывает рекурсивные функции. *ИЗВЕСТНАЯ ПРОБЛЕМА: ОО-режим RAPTOR неправильно обрабатывает все рекурсивные функции.
ВЕСЕННЯЯ ВЕРСИЯ 2011 (Обновлено 18 мая 2011 г.)	См. выше о сертификатах. Также требуется .NET 2.0 Framework. Файлы, созданные в этой версии (кроме файлов в режиме OO), можно открыть в версии Summer 2007. Этот установщик был протестирован на Windows XP SP3 (32-разрядная версия), Windows XP Tablet PC (32-разрядная версия), Windows 7 Professional (32- и 64-разрядная версия) и Vista Business (64-разрядная версия). Этот установщик должен устранить многие ошибки установки Microsoft Ink DLL.

О режимах Windows RAPTOR

Знаете ли вы, что у RAPTOR есть режимы? По умолчанию вы начинаете в режиме новичка. Режим новичка имеет единое глобальное пространство имен для переменных. Промежуточный режим позволяет создавать процедуры со своей областью действия (вводит понятие передачи параметров и поддерживает рекурсию). Новый объектно-ориентированный режим (в летней версии 2009 г.)

RAPTOR Бесплатно!

RAPTOR распространяется бесплатно в качестве сервиса для образовательного сообщества CS. Первоначально RAPTOR был разработан Академией ВВС США и для нее, но его использование распространилось, и теперь RAPTOR используется для обучения компьютерным наукам в более чем 30 странах, по крайней мере, на 4 континентах. Мартин Карлайл является основным сопровождающим и профессором Техасского университета A&M.

Раздаточные материалы

Введение в алгоритмическое мышление
Знакомство с RAPTOR
Руководство по синтаксису RAPTOR
Структуры управления
Анализ требований
Абстракция процессов и RAPTORGraph
Подсхемы и процедуры RAPTOR
Введение в переменные массива
Функциональная декомпозиция
Старые раздаточные материалы:
1. Введение в программирование RAPTOR
2. Графическое программирование с помощью RAPTOR
3. Циклы программирования и выборки
4. Массивы

Раздаточные материалы по режиму OO — только Windows RAPTOR

Нижеследующие раздаточные материалы предоставлены Элизабет Дрейк, отредактировано из Приложения D к ее книге Prelude to Programming: Concepts and Design, 5 ^th Edition, Элизабет Дрейк и Стюарт Венит, Addison-Wesley , 2011. Ссылка здесь с разрешения автора.

RAPTOR OO Режим программирования
Файлы данных RAPTOR
Комбинированные файлы данных RAPTOR/режим OO

Для преподавателей

Внедрение тестового сервера RAPTOR (только Windows RAPTOR)
Создание подключаемых функций и процедур
Создайте свой собственный генератор кода
Пасхальные яйца (только для Windows RAPTOR)

Авторы

Издание Авалония

Мартин С. Карлайл
Эйдан М. Хеффрон
Сантьяго Фонеска
Сиддхарт Мангалпалли

Версия для Windows

Терри Уилсон
Мартин С. Карлайл
Джефф Хамфрис
Джейсон Мур

Обратная связь

Приветствуются комментарии, предложения и сообщения об ошибках. Если у вас есть комментарий, предложение или сообщение об ошибке, отправьте электронное письмо Мартину Карлайлу.

Форум

Дэвид Кокс создал пользовательский форум на http://raptorflowchart.freeforums.org. Это дает пользователям возможность обмениваться идеями, инструкциями и т. д. Обратите внимание, однако, что отзывы для автора должны быть отправлены по электронной почте, а не размещены на этом форуме.

Видео на YouTube

У Рэнди Бауэра есть несколько учебных пособий на YouTube по адресу http://www.youtube.com/user/RandallBower. Вы также можете выполнить поиск на YouTube по запросу «блок-схема RAPTOR».

Благодарности

Дизайнер UML основан на NClass, конструкторе классов UML с открытым исходным кодом. NClass находится под лицензией GNU General Public License. Остальная часть RAPTOR, согласно политике ВВС США, является общественным достоянием. Источник находится здесь. RAPTOR написан на комбинации A# и C#. К сожалению, у меня нет времени оказывать поддержку по вопросам компиляции

Услуги хищников | Решения для персонализации и платформа клиентских данных

Присоединяйтесь к более чем 300 клиентам по всему миру

Будущее за предоставлением персонализированного обслуживания клиентов

Raptor Services — ведущий поставщик платформы персонализации и клиентских данных, создающий соответствующий опыт на основе данных клиентов.

Наши решения позволяют:

Распознавать пользователей и их поведение на разных каналах и платформах
Предлагайте персонализированный контент и рекомендации по продуктам
Сделать все данные клиентов доступными через CDP во всех маркетинговых каналах

Посмотреть все решения

Платформа клиентских данных
Мерчендайзинг
Персонализация веб-сайта
Электронная почта и триггеры
Персонализация рекламы

Платформа данных клиентов

Предлагайте персонализированный опыт работы с клиентами, объединяя точки взаимодействия с клиентами на всех платформах и каналах. Платформа данных о клиентах (CDP) позволяет произвести личное впечатление независимо от того, где вы встретите своего клиента.

Изучите Raptor CDP

Мерчендайзинг

Объедините возможность продавать продукты, сохраняя при этом актуальность, что в конечном итоге повысит эффективность вашей кампании.

Использует ваши рекомендательные модули в качестве рекламного места на выбранном вами канале.

Ознакомьтесь с Raptor Merchandising

Персонализация веб-сайта

Расширьте возможности персонализированных рекомендаций продуктов в режиме реального времени, которые помогут вам каждый раз создавать уникальные впечатления от покупок.

Предоставление клиентам уникального опыта увеличивает размер вашей корзины, стоимость заказа, доход от посещения и значительно улучшает качество обслуживания клиентов. Персонализация — это обслуживание клиентов во всех местах, где они нужны вашим клиентам.

Персонализация веб-сайта Explore Raptor

Электронная почта и триггеры

Высоко персонализированные электронные письма с рекомендациями по продуктам, адаптированными для отдельного подписчика.

Персональные рекомендации продуктов в ваших электронных письмах вдохновят ваших подписчиков на взаимодействие и конверсию.

Изучение персонализации электронной почты

Персонализация рекламы

Выделитесь в своих платных медиа-каналах с помощью персонализированных сообщений, чтобы быть в центре внимания. Улучшите свой выбор продуктов, предоставляя персонализированные рекомендации по продуктам или контенту в своей рекламе, которые увеличат количество кликов и вовлеченность.

Подробнее о персонализации рекламы

Узнайте больше о персонализации и оптимизации взаимодействия

Артикул

Чем больше у нас данных о клиентах, тем точнее наши сегменты и персонализированные кампании. Отсюда мы можем стать по-настоящему актуальными и связать шаблоны с людьми.

С ростом успеха команда Nordic Hiit захотела и дальше развивать свою платформу.

Cotonshoppen.dk x RaptorКак Cotonshoppen.dk увеличил коэффициент конверсии на 142% благодаря персонализации электронной почтыCotonshoppen.dk Отрасль: Электронная коммерция домашних животных Решения: Персонализация веб-сайта Электронная почта и триггеры как…

Увеличение коэффициента конверсии на 40 % за счет использования данных хранилища для рекомендаций

Плохие новости. Все выглядит не очень хорошо, если вы надеялись найти простое решение фиаско со сторонними файлами cookie. Возможно, вы предпринимаете необходимые шаги для их замены. Или, может быть, вы не решаетесь действовать, как и большинство представителей индустрии. Чувствуете себя уверенно?…

Вебинары и мероприятия

ВЕБИНАР: 30 минут о том, как начать думать о платформе информации о клиентах Формат: вебинарДата: 10 февраляВремя: 10:00–10:30 (утра) Докладчик: Йеппе Годске Олсен (Raptor Services) Вебинар проходил на датском языкеВы действительно понимаете, чего хочет ваш клиент? …

Resolution Media X Raptor Services Конфиденциальность и производительность: данные о жизни и обеде после 2022 г. Формат информации: вебинар Дата: 08 декабря 2021 г. Время: 10:00–10:45Приз: бесплатно Опубликовано: Ким Кристенсен (Resolution Media), Андерс Спикер (Raptor Services) )….

Dansk Erhvervs E-handelskonference 2021 Psykologien bag personalisering: Hvorfor triggers virker Se eller gense videoen fra Dansk Erhvervs E-handelskonference: Hvordan påvirker en anden kundes valg af sandaler dit køb? Alle skridt du tager for at gøre din kundes visit. ..

D. 31 августа, с 10.00 до 10.45, в час, назначенный Carl Ras gik fra Traditional til personaliseret B2B-virksomhed med større omsætning og lettere arbejdsgange på byggepladsen.

Руководства и технические документы

Как персонализировать для Black Week 2022

Ваш путеводитель по самой важной маркетинговой стратегии в 2022 году

Загрузите здесь Заполните форму ниже, чтобы получить полное руководство CDP. ⬇ О чем руководство CDP? Платформа данных о клиентах (CDP) решает одну из самых сложных задач, стоящих сегодня перед бизнесом: унифицировать данные о клиентах по всей организации, в том числе об известных пользователях…

Узнайте о поведенческой психологии, лежащей в основе персонализации как на вашем веб-сайте, так и в электронной почте.

Позвольте нам показать вам, чего вы можете добиться с помощью премиальной персонализации

Эксперт Raptor расскажет больше о продукте и ответит на любые ваши вопросы.

Заказать демонстрацию

Штаб-квартира Raptors, сообщество Raptors в Торонто

Баннер cookie

Мы используем файлы cookie и другие технологии отслеживания, чтобы улучшить ваш просмотр на нашем сайте, показывать персонализированный контент и целевую рекламу, анализировать трафик сайта и понимать, где наша аудитория родом. Чтобы узнать больше или отказаться, ознакомьтесь с нашей Политикой в отношении файлов cookie. Также ознакомьтесь с нашим Уведомлением о конфиденциальности и Условиями использования, вступившими в силу 20 декабря 2019 г..

Выбирая Я принимаю , вы соглашаетесь на использование нами файлов cookie и других технологий отслеживания.

Последние

Этот поток имеет:

14 обновлений

Драфт НБА почти начался! следите за последними репортажами и смотрите, к чему склоняются «Рэпторс» с выбором № 33

По Персонал штаб-квартиры «Рэпторс» 22 июня

/ новый

Центральный дивизион был в центре нашего внимания после того, как Донована Митчелла неожиданно обменяли в «Кавальерс». Поможет ли этот шаг «Кливленду» обойти лидера дивизиона «Милуоки»? В лиге, жаждущей крыльев, Кливленд пытается победить, не имея ни одного!

По Джей Розалес 3 сентября

/ новый

Состав тренировочного лагеря снова составляет 20 человек, так как «Рэпторс» начинают обратный отсчет до дня СМИ 26 сентября.

По Джон Годс 31 августа

/ новый

В списке лагеря Торонто теперь есть свободное место — кто может его заполнить?

По Шон Вудли 29 августа

/ новый

Самый сложный дивизион в баскетболе стал еще более жестким в межсезонье. Бостон, Бруклин и Филадельфия имеют законные претензии на трон. Торонто скрывается как темная лошадка с севера. Кажется, в дивизионе есть пятая команда.

По Джей Розалес 29 августа

/ новый

Впервые за очень долгое время болельщикам «Рэпторс» почти нечего обсуждать с графиком команды. Добавьте к этому несколько обнадеживающих моментов с пробегов Рико Хайнса, и август оказался на удивление удачным месяцем для хайп-поезда Raptors!

По Джей Розалес 21 августа

/ новый

ESPN говорит 47. Мы думаем, что будет больше.

По Джош Керн 17 августа

/ новый

Давно пора уже не жаловаться на это.

По Джош Керн 16 августа

/ новый

Бывший пик второго раунда ранее был дисквалифицирован за нарушение политики лиги в отношении наркотиков.

По Джош Керн 16 августа

/ новый

Из Вокс Медиа

904:38 Канадская серия возвращается в Торонто, который проведет свой тренировочный сбор от Виктории до предсезонной игры против Селтикс в Монреале.

По Джон Годс 3 августа

/ новый

Продукт штата Мичиган завершает список тренировочных сборов Торонто после выпуска Армони Брукс в начале этой недели.

По Джон Гаудс 3 августа

/ новый

В прошлом году «Рэпторс» многих удивили. Посмотрим, смогут ли они сделать это снова — и сделать еще один шаг вперед.

По Джош Керн 27 июля

/ новый

Прорывная звезда «Hustle» движется на север!

По Джош Керн 26 июля

/ новый

Доутин отличился в летней лиге, и у него будет шанс показать себя в лагере.

По Джош Керн 20 июля

/ новый

33-летний футболист стал самым молодым главным тренером в истории 905.

По Джош Керн 20 июля

/ новый

Свободный агент 2021 года, не выбранный на драфте, получит шанс попасть в команду в следующем сезоне.

По Шон Вудли 14 июля

/ новый

Геномы хищников раскрывают эволюционные признаки хищнического и ночного образа жизни | Биология генома

Исследования
Открытый доступ
Опубликовано: 29 августа 2019 г.

Yun Sung Cho ¹ ^na1 ,
Je Hoon Jun ¹ ^na1 ,
Jung A Kim ² ,
Hak-Min Kim ^3,4 ,
Oksung Chung ¹ ,
Seung-Gu Kang ⁵ ,
Jin-Young Park ⁵ ,
Hwa-Jung Kim ⁵ ,
Sunghyun Kim ⁶ ,
Hee-Jong Kim ⁷ ,
Чжин Хо Чан ⁷ ,
Ki-Jeong Na ⁸ ,
Jeongho Kim ⁹ ,
Seung Gu Park ³ ,
Hwang-Yeol Lee ¹ ,
Andrea Manica ¹⁰ ,
David P. Mindell ¹¹ ,
Jérôme Fuchs ¹² ,
Jeremy S. Edwards ¹³ ,
Jessica A. Weber ¹⁴ ,
Christopher C. Witt ¹⁴ ,
Joo-Hong Йео ² ,
Сунок Ким ² и
…
Чон Бхак ORCID: orcid.org/0000-0002-4228-1299 ^1,3,4

Биология генома том 20 , Номер статьи: 181 (2019) Процитировать эту статью

6975 доступов
8 цитирований
29 Альтметрический
Сведения о показателях

Abstract

Исходная информация

Хищные птицы (рапторы) являются доминирующими высшими хищниками в наземных сообществах: ястребы (Accipitriformes) и соколы (Falconiformes) охотятся днем, а совы (Strigiformes) охотятся ночью.

Результаты

Здесь мы сообщаем о новых геномах и транскриптомах для 20 видов птиц, включая 16 видов хищных птиц, а также высококачественные эталонные геномы евразийского филина ( Bubo bubo ), восточной сплюшки ( Otus sunia ), восточный канюк ( Buteo japonicus ) и обыкновенная пустельга ( Falco tinnunculus ). Наш обширный геномный анализ и сравнения с геномами других хищников выявили общие молекулярные признаки, лежащие в основе анатомической структуры и сенсорной, мышечной, сердечно-сосудистой и дыхательной систем, связанных с хищническим образом жизни. По сравнению с дневными птицами, совы демонстрируют поразительную адаптацию к ночной среде, включая функциональные компромиссы в сенсорных системах, такие как потеря генов цветового зрения и отбор для улучшения ночного зрения и других сенсорных систем, которые конвергентны с другими отрядами ночных птиц. . Кроме того, мы обнаружили, что набор генов, связанных со зрением и циркадным ритмом, по-разному экспрессируется в тканях крови у ночных и дневных хищников, что, возможно, указывает на адаптивное изменение экспрессии при переходе к ночному образу жизни.

Выводы

В целом, геномы хищников демонстрируют геномные сигнатуры, связанные с происхождением и сохранением нескольких специализированных физиологических и морфологических признаков, необходимых для того, чтобы быть высшими хищниками.

Исходная информация

Хищные птицы, также известные как хищники, являются ключевыми хищниками почти в каждом наземном биотическом сообществе. Виды этой гильдии составляют немонофилетический набор из трех отрядов в основной кладе наземных птиц, и недавние крупномасштабные филогеномные исследования привели к предположению, что общий предок этой клады мог быть высшим хищником [1]. Есть три основных отряда хищных птиц: Strigiformes (настоящие и сипухи), Falconiformes (соколы и каракары) и Accipitriformes (орлы, канюки, ястребы, коршуны и грифы). Виды каждой из этих трех ветвей хищников являются облигатными хищниками с приспособлениями для охоты, убийства и/или поедания мяса [2, 3]. Кроме того, общий предок сов развил ночной образ жизни, и большинство существующих видов сов ведут ночной образ жизни, привычка, которую они разделяют с двумя другими отрядами птиц, для которых у нас есть последовательности генома (Caprimulgiformes и Apterygiformes). Эти независимые изменения в образе жизни дают возможность проверить закономерности эволюции генома, которые связаны с хищным и ночным образом жизни соответственно [3,4,5].

Опубликованы геномы более 50 видов птиц, в том числе девяти хищных птиц (сапсан и балобан, белоголовый орлан, орлан-белохвост и беркут, индюк, сипуха, северная пятнистая неясыть и роющая сова) [3]. , 6,7,8,9]. Однако геномы сипухи, орлана-белохвоста и индюка были собраны с низким качеством [6], а детальный сравнительный эволюционный анализ был проведен только для соколов [3]. Здесь мы сообщаем о новых высококачественных эталонных последовательностях полного генома четырех видов хищных птиц (евразийский филин [ Bubo bubo ] и сплюшка [ Otus sunia ] у Strigiformes, восточный канюк [ Buteo japonicus ] у Accipitriformes и пустельга обыкновенная [ Falco tinnunculus ] у Falconitriformes) данные транскриптома, расширяющие геномный охват хищных животных (рис. 1, дополнительный файл 1: рисунок S1 и таблицы S1, S2 и S3). Наше исследование выявило многочисленные геномные сигнатуры эволюции, которые являются общими для трех отрядов хищников или которые, по-видимому, связаны с ночной адаптацией сов.

Рис. 1

Филогения и геномные данные хищных птиц. Топология филогенетического дерева была адаптирована из проекта Avian Phylogenomics Project [1] и базы данных TimeTree. Расчетное время отклонения от настоящего (миллионы лет назад; млн лет назад) указано в узлах. Темно-красный цвет указывает на виды с более высоким качеством (длина каркаса N50 > 1 Mb), светло-красный цвет указывает на виды с более низким качеством сборки генома, черный цвет указывает на виды, для которых был секвенирован весь геном, а серый цвет указывает на высококачественный геном видов, не являющихся хищниками. сборки. Одна звездочка обозначает хищных птиц, секвенированных в этом исследовании. Орлан-белохвост (обозначен двумя звездочками) ранее был собран в низком качестве, а также был секвенирован весь геном из этого исследования

Полноразмерное изображение

Результаты и обсуждение

Секвенирование и сборка генома хищника

Мы применили полногеномное секвенирование и сборку de novo [6, 10,11,12] для построения эталонных геномов четырех видов хищников ( Евразийский филин, восточная сплюшка, восточный канюк и обыкновенная пустельга). Образцы ДНК, извлеченные из диких особей, были секвенированы с использованием платформ Illumina HiSeq с высоким охватом (> 185×) с использованием вставок с короткими вставками различных размеров (170 п.н., 500 п.н. и 700 п.н. для двух сов и восточного канюка и 350 п.н. и 550 п.н. для обыкновенной пустельги) и библиотеки длинных пар (2 Кб, 5 Кб, 10 Кб и 15 Кб; Дополнительный файл 1: таблицы S4 и S5). Четыре генома хищников показали относительно более высокий уровень геномного разнообразия по сравнению с ранее собранными геномами орлов и соколов (дополнительный файл 1: рисунки S2 и S3). Поэтому мы попытались собрать эталонные геномы четырех видов хищников, используя программное обеспечение SOAPdenove2 [10] и Platanus [11] в различных условиях (дополнительный файл 1: таблицы S6, S7 и S8). Гены, кодирующие белок (от 16 000 до 18 000 генов) для этих сборок, были предсказаны путем объединения методов предсказания de novo и гомологичных генов с данными транскриптома цельной крови (дополнительный файл 1: таблица S9). ). Оценивая статистику сборки, результаты картирования транскриптов и результаты картирования ортологов в одной копии (дополнительный файл 1: таблицы S7, S8 и S10), мы получили окончательные эталонные геномы для четырех видов хищников с высоким качеством, что привело к каркасу N50. размеры от 7,49 до 29,92 Мб; мы определили геном высокого качества, если длина каркаса N50 составляет > 1 Mb, и геном низкого качества, если длина каркаса N50 составляет < 1 Mb, аналогично предыдущим исследованиям [1, 6] (дополнительный файл 1: таблица S11). Примерно 90,2% геномов хищников были предсказаны как мобильные элементы (Дополнительный файл 1: Таблица S12), что согласуется с составом геномов других птиц [6]. Кроме того, мы секвенировали весь геном и транскриптом крови еще 12 хищных птиц (пяти сов, шести ястребиных и одного соколиного) и четырех птиц, не являющихся хищниками (дополнительный файл 1: таблицы S11, S13, S14 и S15), большинство из которых были секвенированы впервые. Полногеномные последовательности (WGS) 12 дополнительных хищников и четырех птиц, не являющихся хищниками, не были собраны, а сопоставлены с эталонными геномами близкородственных видов в целях сравнения, чтобы устранить возможную систематическую ошибку, связанную с небольшим числом хищных/ночных животных. геномы видов; полногеномные секвенированные, но не собранные геномы в дальнейшем обозначались как WGS.

Эволюционный анализ хищных птиц по сравнению с нехищными птицами

Для определения генетической основы хищничества и ночного образа жизни у хищных мы провели углубленный сравнительный эволюционный анализ 25 хищных птиц (в том числе 10 ночных сов и 15 дневных хищников) и Геномы 23 видов птиц, не являющихся хищниками (включая ночных коричневых киви [12] и вдову уилла [6], и других представителей птиц, собраны с высоким качеством [13,14,15,16] (дополнительный файл 1: рисунок S4). и таблицы S1, S2 и S11). Во-первых, кластеры семейств генов были сконструированы с использованием в общей сложности 25 собранных геномов птиц (как 23 генома высокого качества, так и 2 генома низкого качества; дополнительный файл 1: таблицы S11 и S16). Из 29115 ортологичных семейств генов, обнаруженных в 25 геномах птиц, 12 662 семейства были обнаружены во всех геномах хищников (рис. 2a и дополнительный файл 1: рис. S4). Основываясь на сравнении ортологичных семейств генов среди всего лишь 23 высококачественных геномов птиц, 136 расширенных и 559 сокращенных, 69 расширенных и 1282 сокращенных и 26 расширенных и 554 сокращенных генных семейства были обнаружены у общих предков Strigiformes, Accipitriformes и Falconiformes, соответственно, по сравнению с общими предками каждого отряда хищников и его сестринской группы (рис. 2b). Птицы эволюционировали, чтобы использовать множество различных стратегий для добычи пищи, а хищные птицы специализируются на охоте [2, 3, 7]. Несколько молекулярных сигнатур были общими для трех отрядов хищников, и каждая предковая ветвь этих отрядов показала расширение семейств генов, связанных с сенсорным восприятием звука, регуляцией морфогенеза анатомической структуры, постсинаптической плотностью и специализацией, а также функциями обучения (9).0019 P < 0,05, точный критерий Фишера; Дополнительный файл 1: таблица S17).

Рис. 2

Связь хищных птиц с другими видами птиц. a Диаграммы Венна ортологичных кластеров генов у хищных птиц. Кластеры ортологичных генов были сконструированы с использованием 25 геномов птиц. Отображаются только кластеры генов хищников. b Расширение или сокращение генов у 23 высококачественных видов птиц Числа рядом с названиями видов и порядков указывают количество семейств генов, которые расширились (+) и сократились (-) в каждой ветви и виде. Красным цветом отмечены хищные птицы. c Тепловая карта расширенных категорий онтологии генов (GO) для генов хищных распространенных GC3-предвзятых. Значки птиц слева направо обозначают полосатых, ястребиных, соколиных и нехищных птиц. Z — баллы для среднего нормализованного процента GC3 показаны в виде желто-черной цветовой шкалы

Изображение в полный размер

три отряда хищных птиц по сравнению с нехищными птицами (как с высококачественными, так и с низкокачественными геномами) на уровне последовательности генов, что, возможно, отражает их общую потребность в высокоразвитых сенсорных системах, эффективной системе кровообращения и дыхания и исключительном полете. возможности, необходимые для поимки добычи [2,3,4,5, 7, 8]. На основе d _N / d _S расчет соотношений [17, 18], только RHCE и CENPQ гены обычно выявлялись как положительно отобранные ветви Strigiformes, Accipitriformes и Falconiformes (дополнительный файл 2: листы данных S1, S2 и S3). Кроме того, мы идентифицировали три гена как положительно отобранные в предковых ветвях двух отрядов хищников ( SFTPA1 у Strigiformes и Falconiformes; TFF2 и PARL у Strigiformes и Accipitriformes). Белок легочного сурфактанта, кодируемый SFTPA1 , играет важную роль в защите от респираторных патогенов и нормальном дыхании [19]. Ген TFF2 кодирует белок, который опосредует заживление раны желудка и ингибирует секрецию желудочного сока [20]. Наконец, мы обнаружили, что 148 генов показали ускорение d _N / d _S в предковых ветвях хищников (дополнительный файл 1: таблица S18). Из них SLC24A1 , NDUFS3 и PPARA кодируют белки, которые играют роль в каскаде зрительной передачи, дыхательной цепи митохондриальной мембраны и метаболизме липидов соответственно [19, 21, 22].

Было высказано предположение, что гены с повышенной частотой гуанин-цитозин в третьем положении кодона (GC3) более адаптируются к внешним стрессам, предоставляя больше мишеней для метилирования de novo, что влияет на изменчивость экспрессии генов [23]. Таким образом, мы проанализировали содержание GC3 у трех отрядов хищников и обнаружили, что регуляция развития нервной системы, дифференцировка нейронов центральной нервной системы и гены, связанные с передвижением, демонстрируют высокую предвзятость GC3 (рис. 2c, дополнительный файл 1: рисунок S5, Таблица S19и Дополнительный файл 2: техническое описание S6). В высококонсервативных областях генома (HCR) среди видов, принадлежащих к одному отряду, 79 функциональных категорий обычно обогащались в трех отрядах хищников (дополнительный файл 1: таблицы S20, S21, S22, S23, S24, S25, S26, S27, С28 и С29). Среди этих категорий функции развития глаз, органов чувств, мышечных органов, эпителия и конечностей обычно сохранялись у трех отрядов хищных птиц, но не у воробьинообразных (контрольный отряд птиц в этом анализе), что позволяет предположить, что эти функции важны у хищных для их хищный образ жизни.

Эволюционный анализ ночных птиц по сравнению с дневными птицами

Поскольку несколько ветвей птиц независимо адаптировались к ночному образу жизни, сравнительный метод можно использовать для идентификации генов, лежащих в основе конвергентных фенотипов, связанных с ночной адаптацией [5]. При сравнении генных семейств среди 23 высококачественных птичьих геномов две группы ночных птиц (предковая ветвь сов и коричневых киви) имели общее расширение семейств генов, связанных с организацией синапсов, сенсорным восприятием химического стимула и сенсорным восприятием функций запаха. ( P < 0,05; Дополнительный файл 1: таблицы S30 и S31). Как и ожидалось, семейства генов, связанные со зрением, обычно сокращались у ночных птиц при сравнении размеров семейств генов у существующих видов (дополнительный файл 1: таблицы S32 и S33). В частности, потеря гена чувствительного к фиолетовому/ультрафиолетовому излучению опсина SWS1 ( OPN1SW ) была обнаружена во всех геномах ночных птиц, как сообщалось ранее [4, 24].

По сравнению с дневными птицами, ночные птицы (включая геномы двух низкокачественных ночных видов: сипухи и вдовы) также показали общие признаки отбора, вероятно, связанные с их адаптацией к ночной среде. В общей сложности 14 PSG были разделены между тремя ночными группами, и 98 PSG были общими как минимум для двух групп ночных птиц (дополнительный файл 2: листы данных S1, S4 и S5). Общие PSG были чрезмерно представлены при обнаружении механического стимула, связанного с сенсорным восприятием звука, заживлением ран и функциями развития кожи (дополнительный файл 1: таблица S34), хотя обогащение не соответствовало критерию частоты ложных открытий. Интересно, что по крайней мере один из двух генов, связанных с заживлением ран ( TFF2 и COL3A1 ) [25, 26], оказался положительно отобранным у ночных птиц. Кроме того, шесть генов ( RHO , BEST1 , PDE6B , RPE65 , OPN4-1 и RRH ) участвуют в обнаружении света, и RDH8 , который вовлечен в Retinol (VitataMin A 1 ). 19, 27], показал ускорение d _N / d _S у ночных птиц (Дополнительный файл 1: Таблица S34). Хорошо известно, что родопсин, кодируемый RHO , является светочувствительным рецептором и, таким образом, обеспечивает зрение в условиях низкой освещенности [28]. Примечательно, RHO также показал высокий уровень смещения GC3 у ночных птиц (дополнительный файл 2: таблица данных S7). Кроме того, RPE65 кодирует белок, который является компонентом зрительного цикла витамина А в сетчатке, в то время как PDE6B играет ключевую роль в каскаде фототрансдукции, а мутации в этом гене приводят к врожденной стационарной куриной слепоте. Кроме того, меланопсин, кодируемый OPN4-1 , является фоторецептором, необходимым для регуляции циркадного ритма [19]. , 27]. Мы также обнаружили, что только ген SLC51A обладает аминокислотными последовательностями, специфичными для ночных птиц (дополнительный файл 1: рисунок S6). SLC51A , также известный как OST-α , необходим для транспорта желчных кислот в кишечнике [29], и было высказано предположение, что желчные кислоты влияют на циркадные ритмы, регулируя уровень экспрессии семейств генов, связанных с суточными часами [29]. 30, 31]. Интересно, что у роющей совы ( Athene cunicularia ), которая известна как одна из дневных/сумеречных сов, характер изменения последовательности отличался от других ночных или дневных птиц в 9Локус 0019 SLC51A (дополнительный файл 1: рисунок S6).

Сенсорная адаптация к ночной среде

Модификации основных сенсорных систем (не только зрения, но и обоняния, слуха и циркадных ритмов) относятся к наиболее частым изменениям, происходящим при переходе от дневного к ночному образу жизни [5] . Анализ основных сенсорных систем в геномах ночных птиц (совы, чаквиллс-вдова и коричневый киви) выявил наличие высокоразвитых органов чувств для адаптации к ночному образу жизни. Во-первых, гены, связанные с системой зрения, показали значительное ускорение d _N / d _S у трех ночных птиц по сравнению с дневными птицами ( P < 0,05; рис. 9.010 U; 9.020). Совы и вдова чака-уилла (Caprimulgiformes) имели самое высокое ускорение в генах, связанных со зрением. Общее количество функциональных обонятельных рецепторов (ОР) у ночных птиц не больше, чем у дневных. Тем не менее, количество OR γ-клады у ночных птиц и OR γ-c-клады у сов было значительно больше, чем у других (после исключения двух исключительных видов [32], демонстрирующих обширную экспансию OR γ-c-клады, курицы и зебры). зяблик; P < 0,05, тест Манна-Уитни U ; Рис. 3 и Дополнительный файл 1: Таблица S36). Считается, что разнообразие OR связано с диапазоном обнаружения запахов [33], и мы обнаружили, что разнообразие OR α-клады было значительно выше у ночных птиц (Дополнительный файл 1: Таблица S37). Кроме того, разнообразие ОР γ-c-клады было намного выше у сов и коричневых киви (Apterygiformes) по сравнению с их родственными группами (пуховый дятел у Piciformes и обыкновенный страус у Struthioniformes соответственно), что позволяет предположить, что повышенные обонятельные способности эволюционировали многократно. в ночных условиях [5, 12]. Гены, связанные со слуховой системой, показали относительно высокий уровень d _N / d _S соотношение у сов и коричневых киви; Интересно, что у двух видов, обучающихся вокалу (волнистый попугайчик у Psittaciformes и колибри Анны у Apodiformes), первый и третий наиболее ускоренные d _N / d _S были связаны со слухом. с их высокоразвитыми когнитивными способностями [32, 34]. Гены, связанные с циркадным ритмом, показали первое и второе по величине ускорение у сов и коричневых киви, но самое низкое у chuck-will’s-widow, что позволяет предположить, что эти независимые случаи адаптации к ночному образу жизни происходили по разным механизмам [5]. Кроме того, мы обнаружили, что 33 гена, связанных со слуховой системой, и 18 генов, связанных с циркадными ритмами, показали ускорение d _N / d _S в трех группах ночных птиц (Дополнительный файл 1: Таблица S38). Взятые вместе, эти результаты показывают, что отбор на усиление ночного зрения и других сенсорных систем предсказуемо компенсирует потерю цветового зрения, поддерживая функциональный компромисс сенсорных систем у ночных птиц [4, 5, 12].

Рис. 3

Функциональный компромисс сенсорных систем у ночных птиц. а Филогенез генов обонятельных рецепторов (OR) α и γ, идентифицированных в 25 геномах птиц. Информация о филогении была построена для интактных генов OR только с использованием программного обеспечения ClustalW2. Цвета на этикетке означают разные виды птиц. b Ограничения выбора сенсорных систем. Значения OR α, γ и γ-c представляют собой разнообразие OR в каждой кладе. Для отрядов птиц, включающих два и более генома (Strigiformes, Accipitriformes, Passeriformes, Falconiformes и Pelecaniformes), использовались средние значения разнообразия. Разнообразие OR α у Piciformes и γ-c OR у Psittaciformes не рассчитывали, так как число идентифицированных генов OR было меньше двух. Значения зрения, слуха и циркадного ритма равны 9.0019 d _N / d _S соотношения каждого набора генов, связанных с сенсорной системой. Для птичьих отрядов, включающих два или более геномов, использовались отношения d _N / d _S предковых ветвей. Три отряда птиц, выделенные красным, ведут ночной образ жизни

Изображение с полным размером

Считается, что изменения в экспрессии генов лежат в основе многих фенотипических различий между видами [35]. Поэтому мы провели межвидовое сравнение экспрессии генов среди транскриптомов крови 13 хищных птиц (пяти сов, четырех ястребиных и четырех соколиных) и пяти нехищных птиц (дополнительный файл 1: таблицы S11 и S15). Мы обнаружили, что несколько генов, связанных со зрением [19, 27] были дифференциально выражены у сов ( P < 0,05, модерированный тест t ; дополнительный файл 1: рисунки S7 и S8, и дополнительный файл 2: листы данных S8, S9, S10 и S11). Например, гены PDCL (слабая экспрессия) и WFS1 (высокая экспрессия) экспрессировались по-разному, специфично для сов. Интересно, что мы также смогли найти несколько генов, связанных с циркадными ритмами, которые по-разному экспрессировались у ночных и дневных хищников. Три гена, связанные с циркадными ритмами ( ATF4 , PER3 и NRIP1 ) были низко экспрессированы, и два гена ( BTBD9 и SETX ) были высоко экспрессированы в совах, а ATF4 и SIRT12020202. у ястребов были сильно выражены. Эти результаты, вероятно, указывают на то, что избирательно управляемые переключения экспрессии способствовали ночной адаптации сов [33]. Однако сравнение экспрессии генов на основе транскриптома крови может не отражать профили экспрессии генов системы зрения, и поэтому необходимы дальнейшие исследования для подтверждения наших результатов (например, анализ профилей экспрессии тканей сетчатки и зрительных областей мозга).

Выводы

В нашем исследовании собраны полные геномы евразийского филина, восточной сплюшки, восточного канюка и обыкновенной пустельги, а также набор данных полногеномного секвенирования и транскриптома хищных птиц. Это первое углубленное исследование геномики, сравнивающее три отряда хищников, и мы выявили ряд общих молекулярных адаптаций, связанных с хищническим образом жизни. Кроме того, по сравнению с дневными птицами у сов и других ночных птиц были обнаружены отличные геномные особенности, особенно в сенсорных системах. В то же время важно отметить, что сборка генома на основе методов короткого секвенирования могла иметь неполные участки генома, что приводило к ошибочному результату сравнительного эволюционного анализа [36, 37]. Следовательно, гены-кандидаты, идентифицированные в этом исследовании, нуждаются в дальнейшем подтверждении дополнительными геномными данными, и потребуются функциональные исследования генов-кандидатов для понимания молекулярных механизмов адаптации. В целом, эти результаты обеспечивают полногеномное описание и гены-кандидаты адаптаций, которые позволили каждой из этих трех групп хищников эволюционировать в разнообразных, экологически доминирующих высших хищников.

Методы

Секвенирование образцов и генома

Все образцы крови, использованные для секвенирования генома и транскриптома, были взяты у особей, подвергнутых эвтаназии из-за плохой выживаемости спасенных животных во время обработки ран, за исключением образцов крови A. flammeus , O . semitorques и P. ptilorhynchus , полученные от живых особей при медицинском осмотре в центре спасения диких животных. Образцы мышечной ткани, собранные в 2017 году, были получены из свежих туш (Дополнительный файл 1: Таблица S3).

Для создания эталонных геномных сборок четырех видов хищных птиц (евразийский филин, восточная сплюшка, восточный канюк и обыкновенная пустельга) мы создали 11 геномных библиотек с различными размерами вставок (библиотеки Illumina с короткими вставками и длинными парными парами ) для каждого вида согласно протоколу производителя. Библиотеки были секвенированы с использованием платформ Illumina HiSeq (дополнительный файл 1: таблица S4). Остальные 12 образцов хищных птиц и четыре образца птиц, не являющихся хищными, были секвенированы с использованием платформ Illumina HiSeq с библиотеками коротких вставок (дополнительный файл 1: таблица S11c). Транскриптомы крови десяти хищных птиц и четырех птиц, не являющихся хищными, секвенировали с использованием платформ Illumina HiSeq в соответствии с инструкциями производителя (дополнительный файл 1: таблица S11d).

Сборка генома и аннотация

Для сборки геномов хищников были отфильтрованы дублированные ПЦР, загрязненные секвенирование и адаптер соединения, а также низкокачественные (Q20) прочтения. Чтения библиотеки с короткими вставками и длинными сопряжениями были урезаны до 90 п.н. и 50 п.н. соответственно, чтобы удалить низкокачественные основания на концах чтений (Дополнительный файл 1: Таблица S5). Поскольку геномы четырех хищников показали относительно более высокий уровень геномного разнообразия (дополнительный файл 1: рисунки S2 и S3), мы собрали эталонные геномы четырех видов хищников, используя программное обеспечение SOAPdenove2 [10] и Platanus [11]; сборщик Platanus более эффективен для сильно гетерозиготных геномов [11]. При выполнении ассемблера SOAPdenovo2 мы применяли различные 9Значения 0019 K -mer (33, 43, 53 и 63) для получения фрагментов с длинными смежными участками. Чтобы уменьшить количество пробелов в скаффолдах, мы закрыли пробелы, используя чтение библиотеки коротких вставок в две итерации. Чтобы исправить ошибки на уровне базовой пары, мы выполнили две итерации выравнивания чтений библиотеки коротких вставок с каркасами с закрытыми промежутками с помощью BWA-MEM [38] и вызывая варианты с помощью SAMtools [39]. В этом процессе гомозиготные варианты считались ошибочными последовательностями в процессе сборки и, таким образом, заменялись с целью исправления (дополнительный файл 1: таблица S7).

Чтобы выбрать окончательные высококачественные эталонные сборки для четырех хищников, мы аннотировали все сборки и оценили качество каждой сборки. Сначала мы провели поиск тандемных повторов и мобильных элементов в геномах (дополнительный файл 1: таблица S9) с помощью Tandem Repeats Finder (версия 4.07b) [40], Repbase (версия 19.03) [41], RepeatMasker (версия 4.0.5) [42]. ], RMBlast (версия 2.2.28) [43] и RepeatModeler (версия 1.0.7) [44]. Гены, кодирующие белок, были предсказаны путем объединения методов предсказания генов de novo и на основе гомологии с данными транскриптома крови для каждой сборки. Для предсказания генов на основе гомологии мы провели поиск последовательностей птичьих белков в базе данных NCBI с использованием TblastN (версия 2.2.26) [45] с E значение отсечки 1E−5. Совпадающие последовательности были сгруппированы с помощью GenBlastA (версия 1.0.4) [46] и отфильтрованы по критерию охвата и идентичности > 40%. Модели генов были предсказаны с помощью Exonerate (версия 2.2.0) [47]. Для предсказания гена de novo использовали программу AUGUSTUS (версия 3.0.3) [48] с транскриптомом крови для каждого вида. Мы отфильтровали возможные псевдогены, имеющие преждевременные стоп-кодоны и гены с одним экзоном, которые, вероятно, были получены в результате ретротранспозиции (дополнительный файл 1: таблица S9).). Качество сборки и аннотации генов оценивали путем выравнивания независимо собранных de novo транскриптов с использованием программного обеспечения Trinity [49] и поиска эволюционно консервативных ортологов с использованием программного обеспечения BUSCO [50] (дополнительный файл 1: таблицы S8 и S10). Принимая во внимание статистику сборки (например, значения N50 и длину собранной последовательности) и полноту сборки генома, были получены окончательные высококачественные эталонные сборки для четырех хищников. Последовательности генома, транскриптома и белка для других сравниваемых видов были загружены из базы данных NCBI. Гены с возможными преждевременными стоп-кодонами были исключены из сравнительного анализа. Геном северной пятнистой совы и белковые последовательности были получены от Zenodo, ссылки на которые приведены в опубликованной статье [8].

Сравнительный эволюционный анализ

Ортологичные семейства генов были сконструированы для геномов птиц с использованием программного обеспечения OrthoMCL 2.0.9 (дополнительный файл 1: рисунок S4) [51]. Для оценки времени дивергенции 25 представителей птиц белковые последовательности семейств однокопийных генов птиц выравнивали с помощью программы MUSCLE [52]. Плохо выровненные области из выравниваний были обрезаны с помощью программного обеспечения trimAl [53]. Времена дивергенции оценивали с помощью программы MEGA7 [54] с топологией филогенетического дерева из опубликованных ранее исследований [1, 6] и базы данных TimeTree [55]. Когда мы рассчитали время расхождения среди 23 видов с эталонными геномами высокого качества (рис. 2b), дата узла между курицей и сизым голубем была ограничена 98 миллионов лет назад (млн лет назад) курица и коричневый киви были ограничены 111 млн лет назад, а обыкновенный страус и коричневый киви были ограничены 50–105 в соответствии со временем расхождения из TimeTree. Для оценки времени дивергенции среди хищных птиц (рис. 1) дата узла между пушистым дятлом и евразийским филином, ограниченным 61–78 млн лет назад, и обыкновенной пустельгой и волнистым попугаем была ограничена 60–80 млн лет назад в соответствии с дивергенцией. время из предыдущих исследований [1, 6] и TimeTree; поскольку времена расхождения и филогенетические топологии предыдущих исследований [1, 6] и TimeTree были совершенно разными, мы использовали времена расхождения из предыдущих исследований в качестве минимума и времена расхождения из базы данных TimeTree в качестве максимальных ограничений. Анализ расширения и сокращения семейства генов для предковых ветвей трех отрядов хищных птиц был проведен с использованием программы CAFÉ [56] с P < 0,05 критерий. Поскольку на анализ расширения и сокращения семейства генов могут влиять ошибочные геномные области, полученные в процессе сборки [36, 37], мы рассчитали охват глубины картирования генов в геномах хищных и ночных птиц, а затем отфильтровали гены, имеющие аномальную глубину. покрытие (если покрытие глубины картирования генов составляет менее половины среднего покрытия глубины [менее четверти среднего покрытия глубины для генов в каркасах половых хромосом] или более чем в два раза больше среднего покрытия глубины; Дополнительный файл 1: рисунок S9). Значительно различающиеся размеры генных семейств современных видов ночных птиц были идентифицированы с помощью теста Манна-Уитни U ( P < 0,05).

Для идентификации отбора на уровне последовательности генов были скомпилированы два набора ортологичных генов, как сообщалось ранее [3]: однокопийные ортологи среди видов птиц и репрезентативные гены из многокопийных ортологов. Репрезентативные гены из многокопийных ортологов были выбраны, если белковые последовательности всех видов взаимно лучше всего соответствуют последовательности куриного белка с использованием BLASTp с E значение отсечки 1E−5. PRANK [57] использовали для построения множественных выравниваний последовательностей среди ортологов. Программа CODEML в PAML 4.5 использовалась для оценки отношения d _N / d _S (несинонимичных замен на несинонимичный сайт к синонимичным заменам) на 7 синонимичных замен [1]. Модель с одним отношением использовалась для оценки общего селективного давления, действующего среди видов сравнения. Модель с двумя отношениями (модель = 2) использовалась для обеспечения того, чтобы d _N / d _S соотношение – это разница между видами переднего плана (хищными и ночными птицами соответственно) и другими видами. Additionally, the d _N / d _S ratios for each order-level branch of raptors and nocturnal birds were used to confirm if the foreground d _N / d _S соотношение не привязано к определенному отряду хищников и ночных птиц. Также был проведен тест филиала [18]. Статистическую значимость оценивали с использованием тестов отношения правдоподобия с консервативным критерием частоты ложных открытий 10% (дополнительный файл 2: листы данных S1, S2, S3, S4 и S5).

Мы идентифицировали целевые видоспецифичные аминокислотные последовательности [6]. Чтобы отфильтровать систематические ошибки, связанные с индивидуальными вариантами, мы использовали все данные WGS хищников путем картирования генома евразийского филина для Strigiformes, генома восточного сарыча для Accipitriformes и генома обыкновенной пустельги для Falconiformes. Сопоставление было проведено с использованием BWA-MEM, а согласованные последовательности были созданы с использованием SAMtools с параметрами по умолчанию, за исключением параметра «-d 5» (дополнительный файл 1: таблица S13). Когда мы определили специфические аминокислотные последовательности, мы также сравнили белковые последовательности других птиц из базы данных NCBI. Мы также проверили несколько выравниваний последовательностей вручную, чтобы удалить артефакты. Для определения генетического разнообразия на основе частоты гетерозиготных SNV варианты также вызывались с использованием конвейера Sentieon [58] с параметрами по умолчанию, за исключением параметра «—algo Genotyper» (дополнительный файл 1: таблица S14). Показатели гетерозиготных SNV были рассчитаны путем деления общего числа гетерозиготных SNV на длину достаточно картированных (> 5 глубин) геномных областей (дополнительный файл 1: рисунок S3).

Чтобы идентифицировать HCR у трех отрядов хищных и воробьинообразных, мы просканировали области генома, демонстрирующие значительно сниженную генетическую изменчивость, путем сравнения вариаций каждого окна и всего генома, как предполагалось ранее [59]. В случае воробьинообразных полные геномные данные четырех видов воробьинообразных (средний суслик, белогорлый воробей, обыкновенная канарейка и ошейниковая мухоловка) были сопоставлены со сборкой генома зебрового вьюрка, а затем с использованием тех же методов были идентифицированы варианты. используется для трех отрядов хищников. Генетическая изменчивость оценивалась путем подсчета количества различных оснований в геномах одного порядка в пределах каждого окна размером 100 кб. 9Значение 0019 P было рассчитано путем выполнения точного теста Фишера, чтобы проверить, значительно ли генетическая вариация каждого окна отличается от вариации всего генома. Только скорректированные значения P (значения q ) [60] < 0,0001 считались значимыми. Поскольку оба конца каркасов обычно имеют неправильные последовательности и много пробелов, средние 10 КБ каждого значительно отличающегося окна рассматривались только как HCR (дополнительный файл 1: таблица S20).

Для тестов функционального обогащения генов-кандидатов из базы данных Ensembl [61] были загружены аннотации GO геномов курицы, зебрового вьюрка, индейки, мухоловки, утки, аноловой ящерицы и человека [61] и использовались для сопоставления генов, кодирующих белок птиц, с Категории ГО. Путь KEGG был назначен с использованием KAAS [62]. Функциональная информация о генах-кандидатах была получена из GO, KEGG, UniProt [63] и GeneCards [19].] базы данных.

Сборка транскриптома de novo и дифференциально экспрессируемые гены

Данные транскриптома крови были собраны с использованием программного обеспечения Trinity [49]. Загрязненные транскрипты искали на наличие последовательности бактерий и грибов в базе данных Ensembl с использованием BLASTN и фильтровали по идентичности > 95% и пороговому значению E по критериям 1E-6. Кодирующие последовательности (CDS) были предсказаны с помощью TransDecoder [49, 64]. Для идентификации дифференциально экспрессируемых генов считывания РНК выравнивали с референсным геномом (собранный полный геном вида) или собранными транскриптами (виды без референсного генома) с использованием программного обеспечения TopHat2 [65]. Количество прочтений, сопоставленных с ортологичными генами, подсчитывали с помощью программного обеспечения HTSeq-0.6.1 [66], а затем преобразовывали в значение RPKM (прочтений на килобазу на миллион сопоставленных прочтений) (дополнительный файл 1: таблица S15). Значения RPKM были нормализованы с коррекцией Trimmed Mean of M values (TMM) [67] с использованием пакета R edgeR [68]. Значимость дифференциальной экспрессии рассчитывали по модерируемому 9Тест 0019 t [69] (функция ebayes) с использованием пакета R limma ( P < 0,05; Дополнительный файл 2: таблицы данных S8, S9, S10 и S11) [70].

Генный анализ, связанный с сенсорной системой

Чтобы сравнить обоняние у птиц, мы собрали в общей сложности 215 последовательностей генов обонятельных рецепторов (OR) кур (только функциональных) из ранее опубликованной статьи [71]. Затем эти OR были исследованы в геномах 25 видов птиц с использованием TblastN с параметрами по умолчанию. Для кандидатов на OR, у которых отсутствуют стартовые/стоп-кодоны, мы искали 90 п.н. вверх по течению, чтобы найти стартовые кодоны, и 90 п.н. вниз по течению, чтобы найти стоп-кодоны. После сбора последовательностей для каждого вида программа CD-HIT [72] использовалась для удаления избыточных последовательностей с порогом идентичности 100%. Поиск последовательностей Pfam [73] с использованием программы hmmer-3.1 [74] с отсечкой значений E , равной 1,0, использовался для идентификации последовательностей, содержащих домен 7tm_4. Чтобы назначить OR-клады и отфильтровать не-OR-гены, множественное выравнивание последовательностей и филогенетический анализ были проведены с ранее назначенными кладами OR- и не-OR-генами человека, ящерицы-анола и курицы [75] с использованием программы ClustalW2 [76]. Остальные кандидаты OR были классифицированы по трем категориям: (1) интактные гены с нормальными старт- и стоп-кодонами и длиной более 215 аминокислотных последовательностей, таким образом, они могут кодировать семь трансмембранных доменов; (2) частичные гены без стартового и/или стоп-кодона; и (3) псевдогены с мутациями сдвига рамки считывания и/или преждевременными стоп-кодонами (дополнительный файл 1: таблица S36). OR-гены эволюционировали путем множественных дупликаций и содержат большое количество псевдогенов, что затрудняет сборку OR-областей и усложняет процесс аннотирования OR-генов [5, 12, 77, 78]. Чтобы преодолеть эти проблемы, мы также рассчитали разнообразие генов OR от интактных генов, отнесенных к ветвям, с помощью энтропии Шеннона [79].] с использованием BioEdit [80], как было предложено ранее [5, 12] (дополнительный файл 1: таблица S37). Положения аминокислот с пропусками более 20% исключались, а энтропия усреднялась по всем позициям аминокислот.

Гены, связанные с системой зрения, были извлечены из предыдущих исследований [5, 13]. Связанные со слухом гены были извлечены из базы данных AmiGO [81] с использованием категорий GO, связанных со слухом [5]. Гены, связанные с циркадными ритмами, были извлечены из базы данных AmiGO с использованием «биоритм/циркадный ритм» в качестве ключевых слов для поиска. Белковые последовательности с одинаковым названием гена выравнивали с помощью ClustalW2 и проверяли качество вручную одну за другой. В общей сложности 402 гена, связанных с сенсорной системой (64 гена зрения, 219гены слуха и 133 гена циркадных ритмов), общие для коричневых киви, вдовы Чаквилла и по крайней мере двух стригиформ, были включены для ограничения отбора ( d _N / d _{S соотношение}) (дополнительный файл 1: таблица S38).

Доступность данных и материалов

Все последовательности, представленные в этом исследовании, депонированы в архив NCBI Sequence Read Archive под инвентарным номером PRJNA431699 [82].

Ссылки

Jarvis ED, Mirarab S, Aberer AJ, Li B, Houde P, Li C, et al. Полногеномный анализ позволяет выявить ранние ветви на древе жизни современных птиц. Наука. 2014; 346:1320–31.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Фаулер Д.В., Фридман Э.А., Сканнелла Дж.Б. Функциональная морфология хищников у хищников: межпальцевые различия в размере когтей связаны с техникой удержания добычи и обездвиживания. ПЛОС Один. 2009 г.;4:e7999.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Zhan X, Pan S, Wang J, Dixon A, He J, Muller MG, et al. Последовательности геномов сапсана и балобана дают представление об эволюции хищного образа жизни. Нат Жене. 2013;45:563–6.
КАС Статья пабмед Google ученый
Ву Й, Хадли Э.А., Тенг В., Хао Й., Лян В., Лю Й. и др. Секвенирование транскриптома сетчатки проливает свет на адаптацию хищников к ночному и дневному образу жизни. Научный доклад 2016; 6: 33578.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ле Дюк Д., Шёнеберг Т. Адаптация к ночному образу жизни – изучение геномов птиц. Биоэссе. 2016; 38: 694–703.
ПабМед Статья Google ученый
Zhang G, Li C, Li Q, Li B, Larkin DM, Lee C, et al. Сравнительная геномика позволяет лучше понять эволюцию и адаптацию птичьего генома. Наука. 2014; 346:1311–20.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
«>
Van Den Bussche RA, Judkins ME, Montague MJ, Warren WC. Ресурс однонуклеотидных полиморфизмов (Snps) для всего генома для сохранения и управления беркутами. Дж Раптор Рез. 2017; 51: 368–77.
Артикул Google ученый
Hanna ZR, Henderson JB, Wall JD, Emerling CA, Fuchs J, Runckel C, et al. Геном северной пятнистой неясыти (Strix occidentalis caurina): расхождение с полосатой неясытью (Strix varia) и характеристика генов, связанных со светом. Геном Биол Эвол. 2017;9: 2522–45.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Mueller JC, Kuhl H, Boerno S, Tella JL, Carrete M, Kempenaers B. Эволюция геномной изменчивости роющей совы в ответ на недавнюю колонизацию городских районов. Proc Biol Sci. 2018;285:20180206.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
«>
Luo R, Liu B, Xie Y, Li Z, Huang W, Yuan J и др. SOAPdenovo2: эмпирически улучшенный ассемблер de novo для быстрого чтения с эффективным использованием памяти. Гигасайнс. 2012;1:18.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Каджитани Р., Тошимото К., Ногучи Х., Тойода А., Огура Ю., Окуно М. и др. Эффективная сборка de novo сильно гетерозиготных геномов из полногеномных коротких ридов. Геном Res. 2014; 24:1384–95.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ле Дюк Д., Рено Г., Кришнан А., Альмен М.С., Хьюнен Л., Прохаска С.Дж. и др. Геном киви дает представление об эволюции ночного образа жизни. Геном биол. 2015;16:147.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ganapathy G, Howard JT, Ward JM, Li J, Li B, Li Y и др. Секвенирование с высоким охватом и аннотированные сборки генома волнистого попугая. Гигасайнс. 2014;3:11.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Warren WC, Clayton DF, Ellegren H, Arnold AP, Hillier LW, Künstner A, et al. Геном певчей птицы. Природа. 2010; 464: 757–62.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Шапиро М.Д., Кроненберг З., Ли С., Домьян Э.Т., Пан Х., Кэмпбелл М. и др. Геномное разнообразие и эволюция гребня на голове у сизого голубя. Наука. 2013; 339:1063–7.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Международный консорциум по секвенированию генома кур. Секвенирование и сравнительный анализ генома курицы открывают уникальную перспективу эволюции позвоночных. Природа. 2004;432:695–716.
Артикул Google ученый
Ян З. PAML 4: филогенетический анализ методом максимального правдоподобия. Мол Биол Эвол. 2017; 24:1586–91.
Артикул Google ученый
Чжан Дж., Нильсен Р., Ян З. Оценка усовершенствованного метода вероятности сайта ветвления для обнаружения положительного отбора на молекулярном уровне. Мол Биол Эвол. 2005; 22:2472–9.
КАС Статья пабмед Google ученый
Сафран М., Далах И., Александр Дж., Розен Н., Ини Штейн Т., Шмойш М. и др. GeneCards версии 3: интегратор генов человека. База данных (Оксфорд). 2010;2010:baq020.
Артикул Google ученый
Энгевик К., Айхара Э., Маттис А., Монтроуз М. Опосредованное TFF2, CXCR4 и EGF-R восстановление раны желудка in vitro в желудочных органоидах. FASEB J. 2017; 31 (Приложение 1): 1043–8.
Google ученый
Saada A, Vogel RO, Hoefs SJ, van den Brand MA, Wessels HJ, Willems PH, et al. Мутации в NDUFAF3 (C3ORF60), кодирующем белок сборки комплекса I, взаимодействующий с NDUFAF4 (C6ORF66), вызывают фатальное неонатальное митохондриальное заболевание. Am J Hum Genet. 2009; 84: 718–27.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Kersten S, Seydoux J, Peters JM, Gonzalez FJ, Desvergne B, Wahli W. Рецептор α, активируемый пролифератором пероксисом, опосредует адаптивный ответ на голодание. Джей Клин Инвест. 1999;103:1489–98.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Татаринова Т.В., Александров Н.Н., Бук Ю.Б., Фельдманн К.А. Биология GC3 в кукурузе, рисе, сорго и других травах. Геномика BMC. 2010;11:308.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Борхес Р., Хан И., Джонсон В.Е., Гилберт М.Т., Чжан Г., Джарвис Э.Д. и др. Потеря генов, адаптивная эволюция и коэволюция генов окраски оперения с опсинами у птиц. Геномика BMC. 2015;16:751.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ю Г., Чжан Ю., Сян Ю., Цзян П., Чен З., Ли В. и др. Активность Bm-TFF2, стимулирующая клеточную миграцию, и ингибирующая апоптоз активность требует отчетливой структурной основы. Biochem Biophys Res Commun. 2010; 400:724–8.
КАС пабмед Статья Google ученый
Crane NJ, Brown TS, Evans KN, Hawksworth JS, Hussey S, Tadaki DK, et al. Мониторинг заживления боевых ран с помощью рамановского спектроскопического картирования. Восстановление ран. 2010;18:409–16.
ПабМед Статья Google ученый
Эшбернер М., Болл К.А., Блейк Дж.А., Ботштейн Д., Батлер Х., Черри Дж.М. и др. Генная онтология: инструмент для объединения биологии. Консорциум генных онтологий. Нат Жене. 2000; 25:25–9.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Чжао Х., Ру Б., Тилинг Э.К., Фолкес К.Г., Чжан С., Росситер С.Дж. Молекулярная эволюция родопсина у млекопитающих, обитающих в условиях низкой освещенности. ПЛОС Один. 2009 г.;4:e8326.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Доусон П.А., Хабберт М., Хейвуд Дж., Крэддок А.Л., Зеранге Н., Кристиан В.В. и др. Гетеромерный переносчик органических растворенных веществ α-β, Ostα-Ostβ, представляет собой базолатеральный переносчик желчных кислот в подвздошной кишке. Дж. Биол. Хим. 2005; 280:6960–8.
КАС пабмед Статья Google ученый
Говиндараджан К., МакШарри Дж., Кейси П.Г., Шанахан Ф., Джойс С.А., Гахан К.Г. Неконъюгированные желчные кислоты влияют на экспрессию циркадных генов: потенциальный механизм перекрестных помех микроб-хозяин. ПЛОС Один. 2016;11:e0167319.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Zhang F, Duan Y, Xi L, Wei M, Shi A, Zhou Y и др. Влияние холецистэктомии на циркадные ритмы желчных кислот, а также на энтерогепатические транспортеры и ферментные системы у мышей. Хронобиол Инт. 2018; 35: 673–90.
КАС пабмед Статья Google ученый
Хан И., Ян З., Мальдонадо Э., Ли С., Чжан Г., Гилберт М.Т. и др. Субгеномы обонятельных рецепторов связаны с широкой экологической адаптацией у Sauropsida. Мол Биол Эвол. 2015;32:2832–43.
КАС пабмед Статья Google ученый
Хасин-Брумштейн Ю., Ланцет Д., Олендер Т. Обоняние человека: от геномной изменчивости к фенотипическому разнообразию. Тенденции Жене. 2009; 25:178–84.
КАС пабмед Статья Google ученый
Эмери, Нью-Джерси. Когнитивная орнитология: эволюция птичьего интеллекта. Philos Trans R Soc Lond Ser B Biol Sci. 2006; 361: 23–43.
Артикул Google ученый
Браванд Д., Сумиллон М., Нексулеа А., Жюльен П., Чарди Г., Харриган П. и др. Эволюция уровней экспрессии генов в органах млекопитающих. Природа. 2011; 478:343–8.
КАС пабмед Статья Google ученый
Алкан С., Саджадян С. , Эйхлер Э.Э. Ограничения сборки последовательности генома следующего поколения. Нат Методы. 2011; 8: 61–5.
КАС пабмед Статья Google ученый
Korlach J, Gedman G, Kingan SB, Chin CS, Howard JT, Audet JN, et al. De novo PacBio длинные и поэтапные сборки птичьего генома корректируют и добавляют к эталонным генам, сгенерированным с помощью промежуточных и коротких чтений. Гигасайнс. 2017; 6:1–6.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Li H. Выравнивание прочтений последовательностей, клонирование последовательностей и сборка контигов с помощью BWA-MEM. ArXiv. 2013;1303:3997.
Google ученый
Ли Х., Хэндсейкер Б., Вайсокер А., Феннелл Т., Руан Дж., Гомер Н. и др. Формат выравнивания/карты последовательностей и SAMtools. Биоинформатика. 2009;25:2078–9.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Бенсон Г. Поиск тандемных повторов: программа для анализа последовательностей ДНК. Нуклеиновые Кислоты Res. 1999;27:573–80.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Юрка Дж., Капитонов В.В., Павличек А., Клоновский П., Кохани О., Валихевич Дж. Обновление Repbase, базы данных эукариотических повторяющихся элементов. Цитогенет Геном Res. 2005; 110: 462–7.
КАС Статья пабмед Google ученый
Беделл Дж. А., Корф И., Гиш В. MaskerAid: повышение производительности RepeatMasker. Биоинформатика. 2000;16:1040–1.
КАС пабмед Статья Google ученый
«>
RMBlast. http://www.repeatmasker.org/RMBlast.html. По состоянию на 16 августа 2016 г.
Абрусан Г., Грундманн Н., Деместер Л., Макаловский В. TEclass — инструмент для автоматической классификации неизвестных эукариотических мобильных элементов. Биоинформатика. 2009;25:1329–30.
ПабМед Статья Google ученый
Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, et al. BLAST+: архитектура и приложения. Биоинформатика BMC. 2009;10:421.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
She R, Chu JS, Wang K, Pei J, Chen N. GenBlastA: позволяет BLAST идентифицировать гомологичные последовательности генов. Геном Res. 2009;19:143–9.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
«>
Слейтер Г.С., Бирни Э. Автоматическое создание эвристики для сравнения биологических последовательностей. Биоинформатика BMC. 2005; 6:31.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Станке М., Келлер О., Гундуз И., Хейс А., Ваак С., Моргенштерн Б. АВГУСТ: предсказание ab initio альтернативных транскриптов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2006; 34:W435–9.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Grabherr MG, Haas BJ, Yassour M, Levin JZ, Thompson DA, Amit I, et al. Сборка полноразмерного транскриптома из данных RNA-Seq без эталонного генома. Нац биотехнолог. 2011; 29: 644–52.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Симао Ф.А., Уотерхаус Р.М., Иоаннидис П., Кривенцева Е. В., Здобнов Е.М. BUSCO: оценка сборки генома и полноты аннотации с помощью однокопийных ортологов. Биоинформатика. 2015;31:3210–2.
ПабМед Статья Google ученый
Li L, Steckert CJ Jr, Roos DS. OrthoMCL: идентификация групп ортологов для эукариотических геномов. Геном Res. 2003; 13: 2178–89.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Эдгар РЦ. MUSCLE: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой пропускной способностью. Нуклеиновые Кислоты Res. 2004;32:1792–7.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Capella-Gutiérrez S, Silla-Martínez JM, Gabaldón T. trimAl: инструмент для автоматической обрезки выравнивания в крупномасштабном филогенетическом анализе. Биоинформатика. 2009; 25:1972–3.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Кумар С., Стечер Г., Тамура К. MEGA7: молекулярно-эволюционный генетический анализ версии 7.0 для больших наборов данных. Мол Биол Эвол. 2016; 33:1870–4.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Хеджес С.Б., Дадли Дж., Кумар С. TimeTree: общедоступная база знаний о времени расхождения организмов. Биоинформатика. 2006; 22: 2971–2.
КАС пабмед Статья Google ученый
Хан М.В., Томас Г.В., Луго-Мартинес Дж., Хан М.В. Оценка скорости прироста и потери генов при наличии ошибок в сборке генома и аннотации с использованием CAFE 3. Mol Biol Evol. 2013;30:1987–97.
КАС пабмед Статья Google ученый
«>
Лойтыноя А., Гольдман Н. Алгоритм последовательного множественного выравнивания последовательностей со вставками. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005; 102:10557–62.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Вебер Дж.А., Алдана Р., Галлахер Б.Д., Эдвардс Дж.С. Конвейер ДНК Sentieon для обнаружения вариантов — чисто программное решение, более чем в 20 раз быстрее, чем GATK 3.3, с идентичными результатами. Препринты PeerJ. 2016;4:e1672v2.
Google ученый
Kim S, Cho YS, Kim HM, Chung O, Kim H, Jho S и др. Сравнение геномов плотоядных, всеядных и травоядных млекопитающих с новой сборкой леопарда. Геном биол. 2016;17:211.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Этаж JD. Прямой подход к частоте ложных открытий. J R Stat Soc Series B Stat Methodol. 2002;64:479–98.
Артикул Google ученый
Акен Б.Л., Ачутан П., Аканни В., Амоде М.Р., Бернсдорф Ф., Бхаи Дж. и др. Ensembl 2017. Nucleic Acids Res. 2017;45:D635–42.
КАС пабмед Статья Google ученый
Мория Ю., Ито М., Окуда С., Йошизава А.С., Канехиса М. KAAS: сервер автоматической аннотации генома и реконструкции пути. Нуклеиновые Кислоты Res. 2007; 35:W182–5.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Консорциум ЮниПрот. UniProt: универсальная база знаний по белкам. Нуклеиновые Кислоты Res. 2017;45:D158–69.
Артикул Google ученый
Haas BJ, Papanicolaou A, Yassour M, Grabherr M, Blood PD, Bowden J, et al. Реконструкция последовательности транскрипта de novo из РНК-seq с использованием платформы trinity для эталонного создания и анализа. Нат Проток. 2013;8:1494–512.
КАС пабмед Статья Google ученый
Ким Д., Пертеа Г., Трапнелл С., Пиментел Х., Келли Р., Зальцберг С.Л. TopHat2: точное выравнивание транскриптомов при наличии вставок, делеций и слияний генов. Геном биол. 2013;14:R36.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Андерс С., Пил П.Т., Хубер В. HTSeq — платформа Python для работы с высокопроизводительными данными секвенирования. Биоинформатика. 2015; 31: 166–9.
КАС пабмед Статья Google ученый
Робинсон, доктор медицинских наук, Ошлак А. Метод нормализации масштабирования для анализа дифференциальной экспрессии данных секвенирования РНК. Геном биол. 2010;11:R25.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Робинсон, доктор медицины, Маккарти Д., Смит Г.К. edgeR: пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов. Биоинформатика. 2010;26:139–40.
КАС Статья пабмед Google ученый
McCarthy DJ, Smyth GK. Значимость тестирования по отношению к порогу кратности изменения — это TREAT. Биоинформатика. 2009; 25: 765–71.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ричи М.Е., Фипсон Б., Ву Д., Ху И., Лоу К.В., Ши В. и др. limma обеспечивает анализ дифференциальной экспрессии для секвенирования РНК и исследований микрочипов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2015;43:e47.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
«>
Штайгер С.С., Курышев В.Ю., Стенсмир М.С., Кемпенаерс Б., Мюллер Дж.К. Сравнение репертуаров генов обонятельных рецепторов рептилий и птиц: видовая экспансия групповых гамма-генов у птиц. Геномика BMC. 2009;10:446.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ли В., Годзик А. Cd-hit: быстрая программа для кластеризации и сравнения больших наборов последовательностей белков или нуклеотидов. Биоинформатика. 2006; 22:1658–9..
КАС пабмед Статья Google ученый
Финн Р.Д., Коггилл П., Эберхардт Р.Ю., Эдди С.Р., Мистри Дж., Митчелл А.Л. и др. База данных семейств белков Pfam: к более устойчивому будущему. Нуклеиновые Кислоты Res. 2016;44:D279–85.
КАС Статья пабмед Google ученый
Мистри Дж., Финн Р.Д. , Эдди С.Р., Бейтман А., Пунта М. Проблемы поиска гомологии: HMMER3 и конвергентная эволюция спирально-спиральных областей. Нуклеиновые Кислоты Res. 2013;41:e121.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ниимура Ю. О происхождении и эволюции генов обонятельных рецепторов позвоночных: сравнительный анализ геномов 23 видов хордовых. Геном Биол Эвол. 2009; 1:34–44.
ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ченна Р., Сугавара Х., Койке Т., Лопес Р., Гибсон Т.Дж., Хиггинс Д.Г. и др. Множественное выравнивание последовательностей с помощью серии программ Clustal. Нуклеиновые Кислоты Res. 2009 г.;31:3497–500.
Артикул Google ученый
Ниимура Ю., Ней М. Эволюция генов обонятельных рецепторов в геноме человека. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003;100:12235–40.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Ньюман Т., Траск Б.Дж. Сложная эволюция генов обонятельных рецепторов 7E в сегментарных дупликациях. Геном Res. 2003; 13: 781–9.3.
КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый
Шеннон СЕ. Математическая теория связи. Bell Syst Tech J. 1948; 27: 379–423.
Артикул Google ученый
Холл Т.А. BioEdit: удобный редактор выравнивания биологических последовательностей и программа анализа для Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symp Ser. 1999;41:95–98.
КАС Google ученый
Карбон С., Ирландия А., Мангалл С.Дж., Шу С., Маршалл Б., Льюис С. AmiGO: онлайн-доступ к данным онтологии и аннотаций. Биоинформатика. 2009; 25: 288–9.
КАС пабмед Статья Google ученый
Чо Ю.С., Джун Дж., Ким Дж.А., Ким Х.М., Чунг О, Канг С.Г. и др. Геном хищных птиц. Архив чтения последовательности. 2019 г. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA43169.9.

Скачать ссылки

Благодарности

Корейский институт науки и технической информации (KISTI) предоставил нам Корейскую исследовательскую среду Open NETwork (KREONET), которая представляет собой службу подключения к Интернету для эффективной передачи информации и данных. Мы благодарим ARA Jo за иллюстрации птиц.

История обзора

История обзора доступна в виде Доп. файла 3.

Финансирование

Работа выполнена при поддержке гранта Национального института биологических ресурсов (НИБР), финансируемого Министерством окружающей среды (МОС) Республика Корея (NIBR201403101, NIBR201503101, NIBR201703102). Эта работа также была поддержана проектом Genome Korea в Ульсане (800 секвенирование генома) Исследовательский фонд (1.180017.01) Ульсанского национального института науки и технологий (UNIST).

Информация об авторе

Примечания автора

Юн Сон Чо и Дже Хун Джун внесли равный вклад в эту работу.

Авторы и принадлежности

Clinomics Inc, Ulsan, Республика Корея
Юн Сун Чо, Je Hoon Jun, Oksung Chung, Hwang-yeol Lee & Jong Bhak
Biological и Genetic Rescessment, Genetic Rescessment. Национальный институт биологических ресурсов, Инчхон, Республика Корея
Юнг А Ким, Джу-Хонг Ё и Сунок Ким
Корейский центр индустриализации геномики (KOGIC), Ульсанский национальный институт науки и технологий (UNIST), Ульсан, Республика Корея
Хак-Мин Ким, Сын Гу Park & Jong Bhak
Факультет биомедицинской инженерии, Школа наук о жизни, Ульсанский национальный институт науки и технологий (UNIST), Ульсан, Республика Корея
Hak-Min Kim & Jong Bhak
Отдел ресурсов животных, Национальный институт биологических ресурсов, Инчхон, Республика Корея
Канг Сеунг-Гу, Парк Джин-Ён и Ким Хва-Юнг
Отдел стратегического планирования, Национальный институт биологических ресурсов, Инчхон, Республика of Korea
Sunghyun Kim
Центр спасения диких животных Chungnam, Национальный университет Kongju, Есан, Республика Корея
Hee-Jong Kim и Jin-ho Jang
Колледж ветеринарной медицины Национального университета Чунгбук, Чхонджу, Республика Корея
Ки-Чжон На
Бригада медицинской помощи, Зоопарк Чхонджу, Чхонджу, Республика Корея
Чонхо Ким
Университет зоологии Кембридж, Кембридж, Великобритания
Андреа Маника
Музей зоологии позвоночных, Калифорнийский университет, Беркли, Калифорния, США
Дэвид П. Минделл
Институт системной эволюции биоразнообразия (ISYEB), Национальный музей естественной истории, CNRS, Университет Сорбонны, EPHE, Париж, Франция , Нью-Мексико, США
Джереми С. Эдвардс
Музей юго-западной биологии и кафедра биологии, Университет Нью-Мексико, Альбукерке, Нью-Мексико, США
Джессика А. Вебер и Кристофер К. Витт

Авторы

Yun Sung Cho
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Je Hoon Jun
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Jung A Kim
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия
Хак-Мин Ким
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Oksung Chung
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Seung-Gu Kang
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Jin-Young Park
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Hwa-Jung Kim
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Sunghyun Kim
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Хи-Чжон Ким
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Jin-ho Jang
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Ki-Jeong Na
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Чонхо Ким
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Seung Gu Park
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Hwang-Yeol Lee
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Andrea Manica
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия
Дэвид П. Минделл
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Jérôme Fuchs
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Jeremy S. Edwards
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Джессика А. Вебер
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Christopher C. Witt
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Joo-Hong Yeo
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Сонок Ким
Посмотреть публикации автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar
Jong Bhak
Просмотр публикаций автора
Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

Вклады

Проект генома хищных птиц был инициирован Национальным институтом биологических ресурсов Кореи. SoK, JHY и JB контролировали и координировали проект. SoK, JB и YSC задумали и разработали эксперименты. JAK, SGK, JYP, HwK, SuK, HeK, JiJ, KJN и JK предоставили образцы, советы и соответствующую информацию. YSC, JeJ, HMK, OC, SGP, HYL и JF провели обработку и анализ данных биоинформатики. YSC, JeJ, SoK и JB написали и отредактировали рукопись. AM, DPM, JF, JSE, JAW и CCW рассмотрели и отредактировали рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

Авторы переписки

Переписка с Сунок Ким или Чон Бхак.

Декларация этики

Одобрение этики и согласие на участие

Разрешения на исчезающие виды Кореи или животных, занесенных в список памятников природы, были получены от Министерства окружающей среды (MOE) или от Управления культурного наследия (CHA) соответственно (см. Дополнительный файл 1: Таблица S3 для подробной информации о выборке и разрешениях). В результате этих исследований ни одно животное не было убито или отловлено.

Согласие на публикацию

Неприменимо.

Конкурирующие интересы

YSC, JeJ, OC и HYL являются сотрудниками, а JB является главным исполнительным директором Clinomics Inc. JB, YSC и HMK имеют доли участия в компании. Все остальные соавторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.

Дополнительная информация

Примечание издателя

Springer Nature остается нейтральной в отношении юрисдикционных претензий в опубликованных картах и институциональной принадлежности.

Дополнительные файлы

Дополнительный файл 1:

Рисунки S1-S9 , Таблицы S1-S38 и Дополнительные методы. Дополнительные рисунки, таблицы и методы, поддерживающие рукопись. (PDF 4139 КБ)

Дополнительный файл 2:

Спецификации S1-S11. Дополнительные листы данных, подтверждающие рукопись. (XLS 1689 КБ)

Дополнительный файл 3:

Просмотр истории. (DOCX 48 КБ)

Права и разрешения

Открытый доступ Эта статья распространяется в соответствии с условиями международной лицензии Creative Commons Attribution 4. 0 (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что вы укажете первоначальных авторов и источник, предоставите ссылку на лицензию Creative Commons и укажете, были ли внесены изменения. Отказ от права Creative Commons на общественное достояние (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) применяется к данным, представленным в этой статье, если не указано иное.

Перепечатки и разрешения

Об этой статье

Обсерватория ящеров Золотые Ворота | Охрана национальных парков «Золотые ворота»

Наша работа

Вдохновение на сохранение хищных птиц с 1984 года

Наша миссия — вдохновить на сохранение популяции калифорнийских хищников. GGRO была создана в начале 1980-х годов для отслеживания миграции «Золотые ворота» — ежегодного перелета десятков тысяч ястребов, орлов, соколов и стервятников, птиц, которых все вместе называют «хищниками». Ежегодно с помощью более 250 ученых-добровольцев мы проводим долгосрочные исследования сезонных перемещений хищных птиц вдоль Тихоокеанского побережья, особенно над мысами Марин, для дальнейшего понимания и сохранения популяций хищных птиц.

Хищные птицы, обнаруженные в GGRO, предоставляют бесценную возможность углубить наше понимание экологии, физиологии хищных птиц и статуса их сохранения. Благодаря совместным возможностям мы стремимся: изучить состояние и тенденции популяций и основную экологию хищников, лучше определить популяции, которые мигрируют через Золотые Ворота, и расширить наши знания о здоровье хищников и воздействии стрессоров как на индивидуальном, так и на популяционном уровнях.

Имея всего 2 штатных сотрудника, управляющих нашей деятельностью, ученые-добровольцы являются основой сбора и мониторинга данных GGRO. Каждый год полевые операции GGRO поддерживают примерно 5 сезонных стажеров и более 250 волонтеров.

Высокая точность ПТ является палкой о двух концах, поскольку ПТ обычно менее надежна, чем рентгенотерапия. Несколько неопределенностей, таких как изменения в анатомии, расположении, очертаниях органов и систематических неопределенностях, могут оказать существенное влияние на то, куда доставляется окончательная доза. Надежность ПВ в последние годы повысилась благодаря тщательному планированию лечения, однако она по-прежнему остается чувствительной к большим неопределенностям, которые необходимо свести к минимуму, чтобы в полной мере использовать преимущества ПВ.

Клинический рабочий процесс в PT был заимствован из традиционной рентгенотерапии, где план лечения основан на начальной компьютерной томографии (КТ) пациента. Поскольку лечение обычно длится несколько недель, вполне вероятно, что первоначальный план лечения становится менее актуальным из-за изменений анатомии пациента по мере продвижения лечения.

Добро пожаловать в первый выпуск информационного бюллетеня RAPTOR! Цель этого информационного бюллетеня – информировать консорциум об основных мероприятиях, которые
Подробнее »
30 августа 2022 г.
Новости
Семинар 4D по терапии частицами
Семинар 4D по терапии частицами Центр протонной терапии доктора медицины Андерсона Пятница, 21 октября | Суббота, 22 октября Присоединяйтесь к нам на очном семинаре по 4D
Подробнее »
20 июля 2022 г.
Новости
2° RAPTOR SCHOOL – ТРЕБОВАНИЯ К КОНКУРСУ: Регистрация открыта!
Школа 2° RAPTOR: Loop Requirements будет проходить в Любляне, Словения, с 4 до 9.Сентябрь 2022: сохраните дату! Основные задачи
Подробнее »
14 июня 2022 г.
Новости
Информационный бюллетень RAPTOR № 1, август 2022 г.
Добро пожаловать в первый выпуск информационного бюллетеня RAPTOR! Целью этого информационного бюллетеня является информирование консорциума об основных мероприятиях, которые
Подробнее »
30 августа 2022 г.
Новости
Семинар 4D по терапии частицами
Семинар 4D по терапии частицами Центр протонной терапии доктора медицины Андерсона Пятница, 21 октября | Суббота, 22 октября Присоединяйтесь к нам на очном семинаре по 4D
Подробнее »
20 июля 2022 г.
Новости
2° RAPTOR SCHOOL – ТРЕБОВАНИЯ К КОНКУРСУ: Регистрация открыта!
Школа 2° RAPTOR: Loop Requirements будет проходить в Любляне, Словения, с 4 по 9 сентября 2022 года: сохраните дату! Основные задачи
Подробнее »
14 июня 2022 г.
Новости
Две открытые позиции в UMCG
1. Реконструкция и накопление дозы фотонов 4D по фракциям постдока 2. Научный сотрудник: Инфраструктура клинического контроля лечения протонной терапией 1. Доза фотонов 4D по дробям постдока
Подробнее »
23 мая 2022 г.
Член консорциума RAPTOR
RAPTOR объединяет 13 бенефициаров и 15 партнерских организаций со всей Европы с одной общей целью: внедрить адаптивную терапию частицами в клинику.